Трагічно склалися взаємини юної Кочубеївни з гетьманом. Батьки дівчини, дізнавшись про намір Мазепи одружитися з їхньою дочкою, категорично відмовили йому. Довідавшись про це, Мотря втекла у гетьманський палац. Мазепа, однак, змушений був відіслати її додому. У листі до коханої він пояснив свої дії так:
« Моє серденько! Зажурилемся, почувши од дівки таке слово, же В [ аша ] М [ илість ] за зле на мене маєш, іже В. М. при собі не задержалем, але одослал до дому. Уваж сама, що б з того виросло. Першая, що б твої родичі по всім світі розголосили: же взяв у нас дочку уночи гвалтом і держить у себе місто подложниці. Другая причина, же державши В. М. у себе, я бим не могл жадною мірою витримати, да і В. М. также: мусілибись-мо із собою жити так, як малженство каже, а потом прийшло би неблагословеніє од Церкви і клятва, жеби нам з собою не жити. Гді ж би я на тот час поділ. І мні б же чрез В. М. жаль, щоб єсь на-потом на мене не плакала ». Попри таку шляхетність закоханого, Кочубеї все ж наробили у гетьманській столиці « ґвалту ». Любов Федорівна, Мотрина мати, звинувачувала гетьмана в тому, що він « знасиловал блудом » її дочку. Ці запальні емоційні висловлювання були сприйняті як достовірний факт багатьма істориками. Насправді нічого подібного не сталося. Дочку Кочубеїв на прохання Мазепи повернув батькам російський полковник Григорій Анненков. Гетьман був високоморальною людиною, він не міг піти проти Бога та звичаїв. Як видно з його листів, він передбачав законно поєднатися з Мотрею. В одному з літописів ідеться про те, що Мазепа просив у « малороссийских архиереев и от греческих патриархов разрішення на брак ». Але до цього не дійшло, оскільки передусім він не отримав згоди Мотриного батька.
Дівчина від того була у розпачі. З доносу Василя Кочубея на Мазепу видно, що почуття гетьмана до його дочки він трактував як « чародіяние », від якого вона « возбіситися и бігати, на отца и матерь плевати ». Кочубеївна вперше покохала, й спротив батьків, перешкоди у здійсненні бажаного лише загострили її почуття. Під час втечі з дому до Мазепи вона у гетьманських покоях поклялася йому: « Нехай Бог неправдивого карає, а я, хоч любиш, хоч не любиш мене, до смерті тебе, подлуг слова свого, любити і сердечне кохати не перестану, на злость моїм ворогам ».
278