На Четвертих Загальних зборах УЦР виступив із пропозицією фракції українських есерів про потребу ухвали Центральною Радою спеціального універсалу до українського народу з закликом « організуватися і приступити до негайного закладення підвалин автономного ладу в Україні ». Був одним із авторів есерівського варіанта І Універсалу — стислого повідомлення про те , що український народ через Центральну Раду оголошує Україну автономною державою з власними збройними силами і законодавчою системою . Український уряд мав здійснити політичні й соціально-економічні перетворення , забезпечити вибори до Українських Установчих зборів . Комітет Центральної Ради відхилив цей проект як надто радикальний .
На П ’ ятих Загальних зборах УЦР М . Ковалевський брав активну участь у дискусії про статус Генерального Секретаріату , обстоював погляд на проголошення його повноцінним і повноправним урядом України без надмірної регламентації прав і обов ’ язків : « Ми повинні висловити віру , що Генеральний Секретаріат піде шляхом реальної роботи , вважаючи на життєві обставини . Тільки таким шляхом можна довести Україну до мирного життя , здобути згоду з іншими народами України . Зараз ми не можемо вказати круг компетенції Генерального Секретаріату . В часи революції зазначити се точно дуже трудно . Саме життя опреділить його ». Під час обговорення 26 . VI . 1917 р . першої декларації Генерального Секретаріату М . Ковалевський від імені фракції українських есерів підтримав її , як і II Універсал Центральної Ради , проте різко засудив « Інструкцію » Тимчасового уряду , вважаючи , що вона не може розглядатися як акт згоди , тому УЦР не повинна її приймати , а самостійно затвердити Генеральний Секретаріат , і « хай він проводить своє діло далі ». На закритому засіданні Малої Ради 25 . Х . 1917 р . було утворено відповідальний перед УЦР Крайовий комітет охорони революції в Україні , до складу якого обрано і М . Ковалевського . Сьомі Загальні збори УЦР затвердили його на посаді генерального секретаря продовольчих справ у розширеному складі Генерального Секретаріату . На посаді генерального секретаря ( згодом — народного міністра ) М . Ковалевський перебував до останнього дня існування УЦР , брав участь у голосуванні III і IV Універсалів , був обраний від Полтавського виборчого округу за списком українських есерів членом Всеросійських Установчих зборів .
На ознаку протесту проти опублікованого головнокомандувачем німецьких військ в Україні фельдмаршалом Ейхгорном наказу про засів полів 13 . IV . 1918 р . подав у відставку з посади міністра хліборобства . Відставку Мала Рада відхилила , а міністра зобов ’ язали « широко оповістити всю людність України , що наказ фельдмаршала Ейхгорна не повинен виконуватися ». Цей інцидент остаточно зіпсував стосунки Центральної Ради з німецьким командуванням .
Після гетьманського перевороту деякий час перебував на нелегальному становищі на Полтавщині та Катеринославщині , в першій половині червня його арештували в Генічеську і відправили до Києва , де він кілька місяців відбув у Лук ’ янівській в ’ язниці . Німецька окупаційна влада намагалася організувати показовий судовий процес проти діячів Центральної Ради , зокрема М . Ковалевського , передбачалося звинуватити у використанні з підривною метою п ’ яти мільйонів карбованців . Цю суму 14 квітня , коли стало відомо про підготовку німцями державного перевороту , Рада Народних Міністрів асигнувала у розпорядження М . Ковалевського з метою передачі її центральним комітетам Всеукраїнської селянської спілки , Всеукраїнського Червоного Хреста та Української партії соціалістів-революціонерів . Зазначені кошти , як згадував пізніше М . Ковалевський , « значно допомогли нашим організаціям перебути час жорстоких репресій
104