На Четвертих Загальних зборах УЦР виступив із пропозицією фракції українських есерів про потребу ухвали Центральною Радою спеціального універсалу до українського народу з закликом « організуватися і приступити до негайного закладення підвалин автономного ладу в Україні ». Був одним із авторів есерівського варіанта І Універсалу— стислого повідомлення про те, що український народ через Центральну Раду оголошує Україну автономною державою з власними збройними силами і законодавчою системою. Український уряд мав здійснити політичні й соціально-економічні перетворення, забезпечити вибори до Українських Установчих зборів. Комітет Центральної Ради відхилив цей проект як надто радикальний.
На П’ ятих Загальних зборах УЦР М. Ковалевський брав активну участь у дискусії про статус Генерального Секретаріату, обстоював погляд на проголошення його повноцінним і повноправним урядом України без надмірної регламентації прав і обов’ язків: « Ми повинні висловити віру, що Генеральний Секретаріат піде шляхом реальної роботи, вважаючи на життєві обставини. Тільки таким шляхом можна довести Україну до мирного життя, здобути згоду з іншими народами України. Зараз ми не можемо вказати круг компетенції Генерального Секретаріату. В часи революції зазначити се точно дуже трудно. Саме життя опреділить його ». Під час обговорення 26. VI. 1917 р. першої декларації Генерального Секретаріату М. Ковалевський від імені фракції українських есерів підтримав її, як і II Універсал Центральної Ради, проте різко засудив « Інструкцію » Тимчасового уряду, вважаючи, що вона не може розглядатися як акт згоди, тому УЦР не повинна її приймати, а самостійно затвердити Генеральний Секретаріат, і « хай він проводить своє діло далі ». На закритому засіданні Малої Ради 25. Х. 1917 р. було утворено відповідальний перед УЦР Крайовий комітет охорони революції в Україні, до складу якого обрано і М. Ковалевського. Сьомі Загальні збори УЦР затвердили його на посаді генерального секретаря продовольчих справ у розширеному складі Генерального Секретаріату. На посаді генерального секретаря( згодом— народного міністра) М. Ковалевський перебував до останнього дня існування УЦР, брав участь у голосуванні III і IV Універсалів, був обраний від Полтавського виборчого округу за списком українських есерів членом Всеросійських Установчих зборів.
На ознаку протесту проти опублікованого головнокомандувачем німецьких військ в Україні фельдмаршалом Ейхгорном наказу про засів полів 13. IV. 1918 р. подав у відставку з посади міністра хліборобства. Відставку Мала Рада відхилила, а міністра зобов’ язали « широко оповістити всю людність України, що наказ фельдмаршала Ейхгорна не повинен виконуватися ». Цей інцидент остаточно зіпсував стосунки Центральної Ради з німецьким командуванням.
Після гетьманського перевороту деякий час перебував на нелегальному становищі на Полтавщині та Катеринославщині, в першій половині червня його арештували в Генічеську і відправили до Києва, де він кілька місяців відбув у Лук’ янівській в’ язниці. Німецька окупаційна влада намагалася організувати показовий судовий процес проти діячів Центральної Ради, зокрема М. Ковалевського, передбачалося звинуватити у використанні з підривною метою п’ яти мільйонів карбованців. Цю суму 14 квітня, коли стало відомо про підготовку німцями державного перевороту, Рада Народних Міністрів асигнувала у розпорядження М. Ковалевського з метою передачі її центральним комітетам Всеукраїнської селянської спілки, Всеукраїнського Червоного Хреста та Української партії соціалістів-революціонерів. Зазначені кошти, як згадував пізніше М. Ковалевський, « значно допомогли нашим організаціям перебути час жорстоких репресій
104