Por lo general, en levantamiento de una línea base está vinculada al diagnóstico o análisis de contexto territorial, sin embargo, estos, en la mayoría de los casos, solo cumplen con reunir información sobre los aspectos biofísicos, socioeconómicos y ambientales que existen en una cuenca, sin llegar a profundizar sobre la expresión cuantitativa o cualitativa del estado de la cuenca, lo cual se alcanza con el indicador y los índices. En la actualidad se torna necesario contar con parámetros de medición más completos y de esta forma poder visualizar los cambios que están ocurriendo en la cuenca, en los aspectos ambientales más relevantes o aquellos que tengan mayores impactos.
En el levantamiento de líneas base, la mayor experiencia acumulada se ha realizado en las EIA( Evaluaciones de Impacto Ambiental), que no son más que la expresión general del levantamiento de una línea base en el ámbito de cuenca, sin precisar las externalidades o beneficios de las cuencas. Cabe mencionar que el levantamiento de las líneas base en la medición de impactos ambientales lleva implícito el levantamiento de una línea base para el manejo de cuencas hidrográficas.
Los datos e información necesaria para establecer un indicador del estado de la cuenca no siempre están disponibles, ya sea por falta de series continuas de tiempo, por limitantes en la calidad, o por no corresponder a la misma posición geográfica. En el caso de la información socioeconómica las estadísticas están referidas a territorios político-‐ administrativos, limitando su expresión a los territorios de cuencas hidrográficas. Para el caso de cuencas pequeñas, microcuencas o cuencas de poca importancia, generalmente no presentan registros apropiados de información para generar los indicadores. Se espera que el equipo o actores que participen en el levantamiento de la línea base de una cuenca sean capacitados y entrenados, además de contar con guías, manuales y metodologías claras y precisas de lo que se debe realizar al tomar un dato.
También es importante mencionar que la línea base será el instrumento especial, para medir el estado en que se encuentra una cuenca, y de esa información partir para las siguientes evaluaciones que se desarrollaran en ella, a razón de observar el grado de avance o retroceso que se haya logrado por la ejecución del plan de manejo de la cuenca, o sobre los impactos negativos más relevantes que se hayan encontrado al momento de levantar la línea base.
Procedimiento para elaborar la línea base 1) Definición de la organización interesada y responsable