Tenía un lugar muy cómodo en Milán, podía hacer y diseñar lo que quisiera, era el encargado de reforzar el castillo, implantar tuberías y hacer pinturas o escultura decorativas. Por la imaginación de una invasión Leonardo se dedicaba a innovar sus inventos, además de que diseño un puente que se desmoronaba al cruzar los enemigos, un lanzallamas y una ametralladora primitiva.
El ejército francés amenaza con invadir Milán nunca se pudo realizar la creación del caballo en honor a el padre Sforza, porque se tuvo que usar el hierro para la realización de armas, pero no solo le había pedido que hiciera eso, sino que también estaba diseñado un mural religioso para la iglesia de los Sforza y como tema era La ultima cena de Cristo con sus Apóstoles, aunque al parecer le tomo mucho tiempo en pintarla pues no sabía cómo plasmar esa situación cuando Cristo le decía a sus apóstoles que alguien lo iba a traicionar y que iba a morir.
Siguiendo las bases de las matemática establecidas por Leon Battista Alberti (arquitecto teórico del arte y escritor italiano) y Piero della Francesca (matemático y pintor italiano); Leonardo comenzó a tomar notas y apuntes, acerca de todo lo que se le ocurría y todo lo que se le venía a la mete, pues se estaba creando una ciencia acerca de la pintura, sobre el tiempo que se tomaba en la realización de esta. Cuando se presentó la peste en Milán, Leonardo quiso proyectar las características de estas villas, además de que hizo planos para la analización de ríos e ingeniosos y sistemas de defensa.
Al final el Ejercito Milán tuvo que rendirse ante el ejército francés y los franceses utilizaron al caballo de arcilla como un diana en donde disparaban sus flechas. Leonardo se queda sin trabajo. Y decide dejar Milán junto con su aprendiz de diez años. Para volver a conseguir trabajo Leonardo le ofrece sus servicios al Duque de Venecia, como un traje de buzo para poder respirar en la guerra submarina.
En la actualidad estos legendarios libros o cuadernos están reunidos en lo que se conoce como sus códices y se dice que al final de su vida ha escrito alrededor de veinte volúmenes. Estos sin embargo suelen llegar a ser muy contradictorios, además de que están escritos sobre varios temas unos muy distintos de otros. Como Leonardo no sentía la necesidad de ser un pensador sistemático (alguien que se basa en la percepción del mundo real y en su definición o explicación), es por esto que incluso podemos encontrar en una misma página dos temas muy diferentes de los que esta hablando Leonardo Da Vinci.
Es estas notas abarcaba los temas de arte, arquitectura, matemáticas, mecanismos, óptica, perspectiva, anatomía, botánica, geología y la fabricación de armas. Los cuadernos, notas y libros reflejan una constante una mente en constante innovación. Una de las grandes curiosidades en la realización de las notas de Leonardo es que la mayoría de estas se encuentran escritas de derecha a izquierda; esto quieres decir que estas notas se encontraban encriptadas. Aunque algunos investigadores afirman que esto solo era un hábito que desarrollo, debió a que nunca tuvo un profesor que lo enseñara a escribir correctamente o que le enseñara algunas reglas, porque al poner un espejo enfrente de las hojas no es nada complicada su lectura. Y que esto le facilitaba y lo hacía más rápido al escribir.