Sin embargo se crea un rumor acerca de su sexualidad y la policía comienza a buscarlo, pues es acusado por la práctica de la sodomía a un joven de diecisiete años, el castigo podía llegar desde una multa hasta la pena capital; después de dos meses Leonardo es juzgado, pero como no hay evidencia ni se presenta ningún testigo, so retirados los cargos y las acusaciones que se le habían hecho.
Se creí que mantenía alguna relación entre hombres y que era homosexual, además de que no existe algún registro de que hay tenido una relación amorosa con una mujer y en sus libros habla del sexo y la atracción humana con desprecio. Con el paso del tiempo va perdiendo su interés en el sexo.
“El acto de la copula y los órganos que intervienen en el son tan feos que si no fuera por las caras y los adornos de los actores y los impulsos que les mueven la raza humana desaparecería”
•Leonardo Da Vinci
Decide abrir su propio estudio en Florencia después de que retiran la acusación.
La violencia no tardo en caer por un golpe de estado organizado por un papa llamado Cosme de Médici junto a otros colaboradores, “tras el fracaso del golpe el papa ordena al ejercito de Nápoles tomar Florencia, como para el resto de florentinos, la guerra era una ventaja para Leonardo comenzó a diseñar escaleras y otros artefactos que servían para escalar y defender las murallas de Florencia, Leonardo comenzaría a trabajar en un nuevo campo, la ingeniería militar algo que le fascinaría durante toda la vida.”
En 1480 comienza a plasmar en el lienzo San Jerónimo golpeando se el pecho con una piedra, esta pintura se encuentra colgada en el Vaticano y sin acabar como muchas otras que se mencionan.
El Vaticano convoca a muchos artistas para la remodelación de esta estructura arquitectónica, sin embargo Leonardo no es convocado y se siente muy mal pues el siente que su talento no es reconocido.
También existe un estudio acerca de la mano levantada de la Virgen referente a la pintura de la Adoración de los Magos (esta fue la primera pintura que Leonardo realiza a una escala monumental). Este encargo fue pedido por los frailes del convento de San Donato en Scopeto, fuera de Florencia, en el año 1481, sin embargo cuando se marchó a Milán en el año de 1482 Leonardo dejó la pintura incompleta al padre de Ginevra Benci, la cual se había realizado el retrato algunos años antes, en la National Gallery de Washington.
El San Jerónimo de la Pinacoteca Vaticana, que fue realizado en la misma época y periodo que la pintura de la Adoración de los Magos, pues comparte algunos elementos y efectos similares.
En 1482 se presentó ante el Duque de Milán, llamado Ludovico Sforza el Moro, que se quedó dieciséis años su ocupación principal era la de ingeniero militar, sus proyectos que casi nunca fueron desarrollados abarcaron la hidráulica y la mecánica pues sus grandes innovaciones asombraban a las personas; también la arquitectura, además de la pintura y la escultura. Leonardo le ofreció sus servicios y dijo que él lo podía hacer todo, pues era un hombre con una visión muy ambiciosa.