Mantuvo fuertes polémicas con políticos y escritores de su tiempo, como Juan
Bautista Alberdi, con quien no coincidía en apoyar a Urquiza. Esta polémica se expresó
a través de sus libros. Alberdi escribió Complicidad de la prensa en las guerras civiles
de la República Argentina y Cartas Quillotanas y Sarmiento le respondió con Las
ciento y una y Época preconstitucional y Comentarios a la Constitución de la Nación
Argentina.
En 1862 el general Mitre asumió la presidencia y se propuso unificar al país. En estas
circunstancias asumió Sarmiento la gobernación de San Juan. A poco de asumir dictó
una Ley Orgánica de Educación Pública que imponía la enseñanza primaria obligatoria y
creaba escuelas para los diferentes niveles de educación, entre ellas una con
capacidad para mil alumnos, el Colegio Preparatorio, más tarde llamado Colegio
Nacional de San Juan, y la Escuela de Señoritas, destinada a la formación de
maestras.
En sólo dos años Sarmiento cambió la fisonomía de su provincia. Abrió caminos,
ensanchó calles, construyó nuevos edificios públicos, hospitales, fomentó la
agricultura y apoyó la fundación de empresas mineras. Y como para no aburrirse, volvió
a editar el diario El Zonda.
En 1863 se produjo en la zona el levantamiento del Chacho Peñaloza y Sarmiento
decretó el estado de sitio y como coronel que era, asumió personalmente la guerra
contra el caudillo riojano hasta derrotarlo. El ministro del interior de Mitre, Guillermo
Rawson, criticó la actitud de Sarmiento de decretar el estado de sitio por considerar
que era una decisión exclusiva del poder ejecutivo nacional. Sarmiento, según su estilo,
renunció. Corría el año 1864.
A pedido del presidente Mitre, en 1864 viajó a los EE.UU. como ministro
plenipotenciario de la Argentina. De paso por Perú, donde se hallaba reunido el
Congreso Americano, condenó el ataque español contra ese país a pesar de las
advertencias de Mitre para que no lo hiciera.
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