Das Artenspektrum der Fledermäuse im Nationalpark ist beachtlich, wobei besonders auf das Vorhandensein seltener Arten hinzuweisen ist( OLDENBURG & HACKETHAL 1994). Der Lebensraum des Abendseglers( Nyctalus noctula) umfasst Laub- und Mischwälder, Gärten und Parks. Diese Art ist im ganzen Nationalparkgebiet verbreitet. Normalerweise auf Spechthöhlen angewiesen, wurde sie in letzter Zeit aber auch in Fledermauskästen angetroffen. Im Bereich Waren( Müritz)- Ecktannen wurden jährlich 80 – 100 adulte Weibchen nachgewiesen. Von 1971 sind zwei Nachweise aus Speck und Müritzhof bekannt. Aus dem Teilgebiet Serrahn sind aus den Jahren 1977 – 1983 einige Fänge und Totfunde bekannt( PRILL 1995 mdl.).
Das Braune Langohr( Plecotus auritus), dessen Lebensraum hauptsächlich offene Wald- und Buschlandschaften sind, besiedelt Baumquartiere, Fledermaus- und Vogelkästen, aber auch Dachstühle von Gebäuden. Diese Art, wie auch die Breitflügelfledermaus( Eptesicus serotinus) wurden im Nationalpark relativ häufig nachgewiesen, letztere besonders häufig in Siedlungsnähe.
Die Fransenfledermaus( Myotis natteri) hält sich gern in Wassernähe auf und bewohnt meist lichte Wälder sowie Parklandschaften. Unter anderem wurde sie regelmäßig in den Winterquartieren( Eiskeller in Waren( Müritz), Neustrelitz und Penzlin) angetroffen, wogegen aus dem Nationalpark nur der Nachweis einer Wochenstube in Müritzhof bekannt ist. Einzelnachweise gibt es aus dem Teilgebiet Serrahn, wo ausschließlich männliche Tiere in den 70er Jahren meist am Schlossberg nachgewiesen wurden( PRILL 1995 mdl.). Die Große Bartfledermaus( Myotis brandti) stellt ähnliche Ansprüche an ihren Lebensraum. Es gibt nur zwei Nachweise aus Fledermauskästen in Waren( Müritz)-Ecktannen( OLDENBURG & HACKETHAL 1988). Das Große Mausohr( Myotis myotis) kommt vorwiegend in lichten Auwäldern und strukturreichen Feld- und Wiesenlandschaften vor. Von dieser Art ist gegenwärtig nur eine Wochenstube in der Warener Marienkirche bekannt( ca. 60 adulte Weibchen). Das bedeutendste Winterquartier befindet sich im ehemaligen Eiskeller in Waren( Müritz), wenige Tiere treten kontinuierlich im Teilgebiet Serrahn auf( PRILL 1969).
Der Kleine Abendsegler( Nyctalus leiseri) ist ein ausgesprochener Waldbewohner, der Laubwälder bevorzugt. Er ist mit Sicherheit im Müritzgebiet verbreitet, konnte aber bisher nur einmal in Serrahn nachgewiesen werden( PRILL 1970). Die Kleine Bartfledermaus( Myotis mystacinus) kommt meist in Wassernähe vor. Sie ist sicher bedeutend häufiger, als die wenigen Nachweise in den bekannten Winterquartieren( Eiskeller Waren( Müritz), Burgkeller Penzlin, Alte Brauerei Neustrelitz) beweisen. Sommerquartiere konnten bisher noch nicht nachgewiesen werden( OLDENBURG & HACKETHAL 1994). Die Mopsfledermaus( Barbastella barbastellus) lebt bevorzugt in bewaldeten Habitaten. Von dieser im Nationalpark seltensten Art gibt es nur zwei zurückliegende Nachweise von PRILL( 1969) im Teilgebiet Serrahn. Die in lichten Laub- und Mischwäldern lebende Rauhhautfledermaus( Pipistrellus nathusii) ist regelmäßig in Fledermaus- und Vogelkästen anzutreffen, wurde aber auch wiederholt in Gebäuden gefunden. Im Gebiet von Ecktannen ist eine ständige Population( ca. 200 – 250 adulte Weibchen) nachgewiesen. Nachweise dieser Art sind auch in Rehhof und vom Feisnecksee bekannt( OLDENBURG & HACKETHAL 1988, 1994).
Die Teichfledermaus( Myotis dasycneme) zeigt eine relativ starke Bindung an größere, stehende Gewässer. Der letzte Nachweis dieser Art, der dreimal durch Einzelfunde aus dem Gebiet belegt ist, stammt von 1993( STUBBE mdl. 1994). Die Wasserfledermaus( Myotis daubentoni) kommt vor allem in seenreichen Gebieten und an langsam fließenden Gewässern vor und ist überall im Müritzgebiet verbreitet. Die Quartiere befinden sich in Spechthöhlen in Gewässernähe. In den Winterquartieren( Eiskeller Waren( Müritz), Burgkeller Penzlin, Alte Brauerei Neustrelitz) wurden allerdings nur wenige Individuen nachgewiesen. Wenige Nachweise aus den 70er Jahren gab es auch am Feisnecksee( OLDENBURG & HACKETHAL 1994). Von PRILL sind ebenfalls aus den 70er Jahren einige Exemplare aus dem Teilgebiet Serrahn bekannt. Die Zweifarbenfledermaus( Vespertilio discolor) bewohnt vorwiegend Bergwälder und gegliederte Kulturlandschaften und ist 1993 erstmals in Amalienhof gefunden worden. Es gibt weitere Funde neueren Datums aus Mecklenburg die darauf schließen lassen, dass die Art in Norddeutschland nicht so selten ist, wie bisher angenommen( STUBBE mdl. 1994). Die offenes Gelände und lichte Wälder bevorzugende Zwergfledermaus( Pipistrellus pipistrellus) ist nach OLDENBURG & HACKETHAL( 1994) die häufigste Art im Gebiet. Die Wochenstubengesellschaften sind vorwiegend in Gebäuden aller Ortschaften des Müritz-Nationalparks zu finden, in den bekannten Winterquartieren( Eiskeller Waren( Müritz), Burgkeller Penzlin, Alte Brauerei Neustrelitz) fehlt sie jedoch.
Der zu den Pflanzenfressern( Herbivora) gehörende Feldhase( Lepus europaeus) stammt aus Steppenlandschaften, ist heute jedoch in agrarisch geprägten Landschaften und auch in Wäldern zu finden. Da der Großteil des Nationalparks kein optimales Hasenbiotop darstellt, ist die Dichte im allgemeinen gering. Auch das Vorkommen des Wildkaninchens( Oryctolagus cuniculus) beschränkt sich auf wenige Gebiete bei Zinow, Grünow und Waldsee sowie im Revier Federow( STÖCKER 1993).
Das Eichhörnchen( Sciurus vulgaris) ist ein Laub-, Mischsowie Nadelwaldbewohner und im Nationalpark häufig zu
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