•El arequipe puede presentar deterioro por la aparición de mohos dada su humedad y es un problema que se incrementa si el recipiente que lo contiene no es estéril o no tiene la capacidad de serlo, también se pueden fermentar los azucares presentes en él, pueden fermentarse por la presencia de levaduras lo que nos deja dos situaciones que lo ponen en riesgo.
•La manera de prevenir y lograr conservar el arequipe a través del tiempo (uno prudencial) es: Primero se debe adicionar en algún punto del proceso un conservante, usualmente para este producto suele usarse el citrato de sodio, luego el proceso de cocción es determinante porque allí el producto de paso va a esterilizarse y el ultimo paso es el recipiente que lo contiene, debe ser un recipiente estéril, una condición que debe ser garantizada, sin mencionar que la leche es pasteurizada o tratada antes de su uso como materia prima.