La Autora
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episcopal ofrecido por Felipe IV. Sor María aprovechó esta ocasión para recuperar de la celda del P. Andrés de la Torre lo principal de sus escritos que obraban en poder del confesor. Sirviéndose de un fraile lego, recuperó una arquilla llena de papeles suyos, y quemó de nuevo el original y copias de la MCD creyendo que ningún prelado le obligaría a escribirla de nuevo. Pero sintió en su interior el reproche del Señor. Por eso escribió: " Después tuve reprehensión interior, y nuevos mandatos del Señor y de los prelados para escribir la ' Historia '; y para obedecer, y porque se quedasen estos papeles ocultos, solo hice apuntamientos en papeles sueltos, que yo sola los puedo entender”.
Su estratagema no logró eliminar todos sus escritos. Antes de la quema de los originales se habían sacado ya copias de sus textos, y andaban dispersos por algunos conventos.
En estos años sin dirección espiritual fija, Sor María corrió el mayor peligro político de su vida. En 1648 se urdió la llamada Conspiración de Aragón. Los hermanos Padilla-Carlos y Pedro- junto con Pedro de Silva, en colaboración con el portugués Domingo Cabral y al francés Durvaux, idearon un plan descabellado para sentar en el trono de Aragón al duque de Híjar don Rodrigo Sarmiento de Silva. Para el caso de que Felipe IV muriera sin sucesión, el de Híjar aspiraba al trono de España. Fracasada la conspiración, el nombre de Sor María apareció entre las piezas del proceso. El conspirador de Híjar utilizó el nombre de Sor María, presentando en propio descargo, una carta de la Abadesa de Ágreda. El Rey supo descubrir el juego del pretendiente y escribió a Sor María tranquilizándola y exculpándola por completo. Mas no se olvidó por completo el incidente de la carta de Sor María. El 21 de noviembre, el Comisario del Santo Oficio de Logroño, el Licenciado Diego de Ojeda, pretendió una investigación sobre su relación con el Duque, y sobre el conocimiento que la Concepcionista tuviera de sus intenciones separatistas.