Más allá de los resultados de los análisis filogenéticos, todas las escuelas coinciden en que la
formalización de taxones en sistemas de clasificación tiene dos funciones, en miras de ser un
servicio para todo un abanico de usuarios finales, que no siempre pueden hacerse coincidir:
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Deben permitir hacer identificaciones, 18cita 26 o visto de otra manera, deben funcionar
como un sistema de almacenamiento y recuperación de datos; para lo que cada taxón
debe estar claramente delimitado: un espécimen encontrado del que se pudieran obtener
los estados de sus caracteres, debería poder ubicarse inequívocamente en un taxón
conocido. Los científicos en todas las disciplinas deben utilizar los taxones como unidad
de trabajo, y publicar los resultados de sus trabajos en relación al taxón estudiado. Por lo
tanto los nombres científicos de los organismos, los taxones formales, deben representar
el consenso de la comunidad científica, sólo de esta forma funcionan como llave de
acceso a un cuerpo de información que refiere siempre al mismo grupo de organismos,
aunque esté disperso en libros y revistas escritos en muchas lenguas por diferentes
autores, o proceda de diferentes campos de la biología o la divulgación: como idealmente
hacen referencia los taxónomos, "El nombre de un organismo es la llave hacia su
literatura". cita 27
Deben permitir hacer predicciones 18cita 26 , o pronósticos (que a diferencia de las
predicciones no están ligados a un método sino a un autor, en este caso el autor de la
clasificación y quizás también el autor final) y dar explicaciones. Por ejemplo, cuando se
encuentra un compuesto de interés médico en una planta, es común que haya interés en
investigar si ese compuesto se encuentra también en otras especies relacionadas con
ella; una taxonomía bien armada debería permitirle al investigador presuponer a priori los
límites de su investigación para los que sea más probable confirmar sus hipótesis y
ahorrar esfuerzos de muestreo. 18
La decisión de si armar la clasificación para predecir o para identificar recorrió toda la historia
de la taxonomía; las dos funciones coincidirían en una clasificación que fuera al mismo tiempo
"natural" como "artificial", cita 28 es decir cuyos conceptos taxonómicos sean "naturales" y cuyos
taxones sean "artificiales" —como siempre lo son, en las definiciones aquí manejadas—, con
claves de identificación que la reensamblen en grupos con parecidos superficiales y por lo
tanto muy poco predictivos, pero con reglas de decisión explícitas con las que se llegue con
facilidad al taxón terminal. cita 26 La dificultad radica en que si se hace el ejercicio de buscar un
solo carácter que sea diagnóstico de un taxón (si el organismo posee un estado del carácter,
pertenece al taxón, si posee otro estado, no pertenece al taxón, invariablemente, es decir una
clasificación monotética), se notará que esta búsqueda puede fallar al menos potencialmente