Pestisitlerin insan ve hayvan yiyeceği olarak kullanılan ürünler üzerinde bulunmasına izin verilen kalıntı miktarına maksimum kalıntı limiti veya toleransı adı verilir. Maksimum kalıntı limiti MRL( Maximum Residue Limits);; sabit bir değer olmayıp kullanılan pestisitin türüne miktarına, kullanılan ürüne bağlı olarak değişebilmektedir. Her ülkenin MRL limiti birbirinden farklı olmaktadır. Ancak serbest dış ticaretin ve uluslararası anlaşmaların etkisiyle ülkelerin birbirlerinin sınırları içerisinde geçerli olan ortak maksimum kalıntı limitleri de bulunmaktadır. Bilhassa AB gibi birçok ülkeyi barındıran birliklerde bu durum kaçınılmaz olmaktadır. Maksimum kalıntı limiti, gerektiği gibi kullanılmadığında insanlarda ciddi sağlık sorunlarına yol açmaktadır. Burada kabul edilebilir günlük kullanım sorunu da karşımıza çıkmaktadır. Bir kişinin bir günde alabileceği günlük ilaç miktarı aşıldığı takdirde limit dışı pestisit kullanımı beraberinde riskleri de getirmektedir. Gıda güvenilirliği açısından bu limitlerin aşılmaması için belirli tedbirlerin alınması gerekmektedir. Bu durum sadece insan sağlığı açısından ele alınmayıp aynı zamanda sürdürülebilir tarım çerçevesinde diğer organizmaların ve çevrenin korunması açısından da gerekmektedir. Pestisit uygulaması çoğu kez % 6’ sı hedef alınan canlı üzerine ulaşmak geri kalan kısım ise hedef olmayan organizmaların ve toprağa ulaşmakta ya da çevredeki doğal ekosistemlere sürüklenerek akıntı nedeniyle kimyasal kirleticiler olarak suya karışmaktadır. Yanlış kullanım sonucu toprağın yapısına işleyerek burada yaşayan faydalı canlıların ölmesine sebep olmaktadır. Buharlaşma sonucu havaya karışarak özellikle üretimin yapıldığı bölgenin havasını kirletmekte ve yağmurlar vasıtasıyla suya karışarak hedef dışı canlıların ölmesine yol açmaktadır.
Pestisit kullanımının bir diğer olumsuz sonucu da, aşırı ve yanlış kullanım, hedef alınan organizmaların bir müddet sonra direnç göstermeye başlamasıdır. Çünkü organizmalar bir müddet sonra adaptasyon sağlamakta ve duyarlılıkları azalmaktadır. Tüm bu yaşanan sorunlar pestisitlerin gıda güvenliği açısından denetlenmesin ruhsatlandırılma gibi kontrolleri gerekli kılmaktadır. Dünyada entegre Ürün Yönetimi hareketleri;; çevreyi ve insanı tek bir sistem olarak gören çiftçilik yaklaşımını vurgulamaktadır. Tüm kıtalarda yerel uygulamalar ile biolojik, kimyasal bitki koruma ilaçlarını bir arada içeren Entegre Mücadele girişimleri;; ürünlerin kullanımında güvenli ve çevreye saygılı olması gerekliliği ön plana çıkmıştır.
20