Frente a la línea de costa del Ecuador continental, en las provincias de Manabí y Santa Elena, existen varios islotes que enriquecen el paisaje y, a la vez, son sitios ideales para refugio y anidación de aves marinas. Uno de éstos es el islote El Pelado, localizado frente a la playa de Ayangue. Esta circunstancia, más el hecho de que varias investigaciones revelaron la existencia de una gran cantidad de peces e invertebrados en sus ambientes rocosos, motivaron su declaratoria como Reserva Marina. En la actualidad, esta área se ha convertido en un importante destino para buceadores y amantes de la vida silvestre marina.
Las islas Corazón y Fragatas se localizan cerca de la desembocadura del río Chone, frente a las ciudades de Bahía de Caráquez y San Vicente. El refugio protege los últimos remanentes de manglar que quedan en este estuario. El área es sitio de descanso y reproducción de aves marinas y playeras, entre las que destaca una importante colonia de fragatas. Por su cercanía y fácil acceso, se ha convertido en un sitio preferido para la realización de actividades recreativas. Los recorridos por sus canales y caminatas entre el manglar, permitirán comprender por qué es considerada como un refugio para muchas especies.