La Isla fue descubierta en 1526 por el navegante Joan Cabezas y se menciona por primera vez en 1541 como ” Coques” en el mapa cartográfico de Nicolás Desliens (Inst. Geog de CR.,pp.33.,1964) , se asume que la isla había sido descubierta antes de esa fecha pero se desconoce su exactitud. Durante los siglos XVII y XVIII fue refugio para los piratas y corsarios que florecieron a lo largo de las costas del Pacífico de la América Española. Entre los piratas más notorios en la historia de la época que se refugiaron en dicha isla, se habla de que los legendarios capitanes Morgan, Edward Davies y William Thompson. Según leyendas, aquí se escondieron valiosos tesoros como el tesoro de William Davies que fue ocultado en 1684 y el de Benito "Espada Sangrienta" Bonito en 1819 y el de Lima, consistente en toneladas de lingotes de oro y plata, láminas de oro que cubrían cúpulas de las iglesias, esta historia empieza en Lima, Perú en el año 1820 durante una revolución que daba sitio en esa ciudad. Las autoridades de la armada española decidieron proteger sus tesoros sacándolos por barco. Desafortunadamente para los españoles, el capitán Thompson el cual estaba a cargo de dirigir dicha tarea, se deja el botín y se dice que se dirigió a la Isla del Coco y de acuerdo a la historia, se vio obligado a enterrarlo ahí porque la Armada Española lo persiguió al controlar la revolución.