El gusto por la elaboración de este pan especial se remonta a la época de los sacrificios humanos y a la llegada de los españoles a la entonces Nueva España (ahora México), en 1519. Cuentan que era un ritual en el México de antes de La Conquista. Se dice que cuando una princesa era ofrecida a los dioses, su corazón aun latiendo se introducía en una olla con amaranto y después quien encabezaba el rito mordía el corazón en señal de agradecimiento a un dios.
Los españoles rechazaron ese tipo de sacrificios y elaboraban un pan de trigo en forma de corazón bañado en azúcar pintada de rojo, simulando la sangre de la doncella. Así surgió el pan de muerto.
La forma circular que tiene simboliza el ciclo de la vida y la muerte. En el centro surge un pequeño círculo que representa el cráneo, las cuatro canelillas hacen alusión a los huesos y a las lágrimas derramadas por los que ya no están.
Colocadas en forma de cruz pueden simbolizar los cuatro puntos cardinales consagrando a los distintos dioses, Quetzalcóatl, Tláloc, Xipe Tútec y Tezcatlipoca.
Existen varias teorías sobre el origen de esta tradición, pero una de ellas afirma que se vincula a la asociación del pan de la eucaristía, influencia de la religión católica que los evangelizadores españoles introdujeron a su llegada con los indígenas.