Así pues, se tiene conocimiento que en 1914 después de haber cerrado sus puertas por unos cuantos meses y tras el triunfo del ejército constitucionalista, se reabrió bajo el nombre que aún continúa vigente de Archivo General de la Nación y cuya responsabilidad se le adjudicó al Ministerio de Relaciones Exteriores, después de haberse separado del de Asuntos Interiores (hoy Secretaría de Gobernación).
No es absurdo pensar que la inestabilidad social y política en la que los acontecimientos bélicos tenían subsumido al país, aunado a los incidentes provocados por la naturaleza (terremotos, inundaciones, etcétera) hicieran que se tratara de proteger el Patrimonio Documental conservado en el Archivo y quizá esta fue una de las principales razones por las que se le destinaron diferentes sedes. En un primer momento se pensó que el Castillo de Chapultepec sería el lugar idóneo, idea que no prosperó y en su lugar, algunos de los documentos se dispusieron en el Real Palacio Virreinal (hoy Palacio Nacional), lugar en el que permanecieron hasta la Independencia (1790-1821), mientras que otros se siguieron conservando en las propias Secretarías.
Con el paso del tiempo, el volumen de documentos fue creciendo, con lo cual, los espacios comenzaron al mismo tiempo a ser insuficientes, razón por la que se decidió transferir una parte del acervo al Convento de Santo Domingo y luego, en 1918, al Antiguo Templo de Guadalupe, en Tacubaya, conocido como la Casa Amarilla.
Como el acervo documental seguía incrementándose, se pensó que era momento de crear un recinto definitivo y propio en el que se reunieran y custodiaran los documentos del Archivo. Uno de los primeros proyectos que existieron establecía su instauración en la Ciudadela, en otro se propuso a la Ciudad Universitaria, en virtud de que allí se encontraban la Biblioteca y Hemeroteca nacionales. No obstante lo anterior, en 1973 se trasladó al Palacio de Comunicaciones, hoy Museo Nacional de Arte, donde el espacio también se convirtió en un problema en muy poco tiempo. Tres años más tarde, se enviarían los documentos al Palacio de Lecumberri, edificio que albergó de 1900 a 1976 la antigua penitenciaria de la Ciudad de México. (AGN, Historia del Archivo, 2011)
Por su construcción panóptica, que en su momento permitió vigilar a los reclusos, resultó ser una obra arquitectónica ideal para albergar la memoria escrita y observar desde allí los actos en escrito que resolvía el Gobierno Federal.
Sin embargo, el traslado de los documentos se prolongaría hasta 1982, año en que por Decreto Presidencial quedó formalmente inaugurado el Archivo General de la Nación.
A pesar del esfuerzo que se hizo para mantener reunidos los fondos documentales, los constantes cambios acabaron por hacer que buena parte de éstos se perdieran.
No cabe duda que desde su fundación, el AGN ha mantenido una fuerte vinculación con los Archivos Administrativos, en tanto que ha sido el receptáculo de los expedientes concluidos que se han generado al interior de las oficinas públicas. Sin embargo, a pesar del esfuerzo que se realizó, sobre todo en el siglo XIX, con la idea de mantener una continuidad en el envío de expedientes de las oficinas al Archivo, la falta de una legislación general que normara estas transferencias repercutió negativamente en aquellas, provocando que sus Archivos quedaran paulatinamente relegados, abandonados y desorganizados, lo que redundaría en el entorpecimiento de la gestión administrativa.
Durante la época posrevolucionaria esta situación se agudizaría debido a la falta de interés por parte de las autoridades de resolver la problemática de los Archivos Administrativos.
Sin embargo, no fue sino hasta la segunda mitad del siglo XX que el Estado mexicano comprendió y asumió la responsabilidad de hacer frente a esta responsabilidad, en buena parte porque la condición en la que se encontraban los documentos se hacía cada vez más caótica como consecuencia de diversos factores, entre los que destacan el uso cada vez mayor de la tecnología, formas más ágiles de reproducción de documentos e incremento del aparato burocrático, por mencionar sólo algunos.
Así, se decidió plantear una iniciativa en la que se establecieran algunos aspectos para la conservación de los documentos históricos, cayendo nuevamente en el error de atender sólo a éstos y no a los administrativos.
Por otro lado, la preocupación que denostaron algunas autoridades por la conservación de los documentos llevaría a las propias Instituciones a organizar reuniones con diversos fines, aunque todos ellos de carácter archivístico.