' Наприкінці 1721 р. разом з царем і усім Синодом Ф. Прокопович від’ їж дж ає до Москви. Свою місію він вба * чав у підтримці й д о п о м о зі Петру І у перебудові церкви. та державшого управління. Ж одної сторони Петрових реформ, жодної більш-менш важливої події його царювання не залишив Прокопович без роз’ яснення з церковної кафедри й доведення значення та користі будь-якого державного заходу. І хоча смерть Петра в січні 1725 р. глибоко вразила Феофана, вона не зламала його, не підірвала сил у майбутній роботі. На смерть царя Феофан виголосив дві проповіді: одну в день похорон, другу— вдень Петра І Павла, в яких дав глибоку оцінку діяльності Петра як історичної особи.
Після смерті царя Ф. Прокопович як прихильник його політики зазнав переслідувань з боку противників реформ і реакційного духовенства. 1726 р. було розпочато « Справу про Феофана Прокоповича ». Він звинувачувався в єретизмі, підриві церкви та її догматів, у посяганні на давньоруське благочестя. Боротьба велася найжорстокішими методами. На всі звинувачення Феофан відповідав ще більш страшними звинуваченнями. Прокопович виступив на підтримку Катерини, коли та посіла престол, і тому, мабуть, його вплив на церковні й світські справи залишився міцним. Саме Катерина у червні 1725 р. призначила Феофана новгородським архієпископом, а у липні того ж року у Троїцькому соборі всенародно оголосила його віце-президентом Синоду.
Пережив Прокопович на цій посаді і царювання Петра II, і прихильно зустрів вступ на трон Анни Іоанівни( 1730). У віршах і промовах на її честь він наділяв царицю найвищими рисами державного правителя, порівнюючи з Петром. Завдяки такій підтримці й возвеличуванню Анни Іоанівни роль Феофана значно зміцніла. З усією силою він обрушується на недавніх ворогів. Жорстоко, за допомогою « Тайної канцелярії » розправляється з усіма, хто намагався підірвати його авторитет, не шкодуючи навіть колишніх друзів.
Прокопович підтримує деспотичний режим Бірона й, використовуючи свій ораторський талант і неабиякі знання, прикрашає його. Не зупиняється ні перед чим для досягнення мети, яку поставив перед собою багато років тому, ійе коли був беззвісним київським монахом: піднести просвітницький рівень Росії до європейського.
Саме в цей час яскраво виявляється непересічність і складність особи Прокоповича. В ньому відбиваються усі
868