Οι συνθήκες εγκλεισμού ήταν πολύ άσχημες και κατά περιόδους υπήρχαν
μαρτυρίες για καψώνια αλλά και σκληρά βασανιστήρια των δεσμοφυλάκων
προς τους κρατούμενους.
Χαρακτηριστικά έλεγαν ότι οι φωνές και τα ουρλιαχτά των βασανισμένων
ακούγονταν έξω από τα τείχη. Το μαρτύριο όσων φυλακίζονταν στο Γεντί
Κουλέ αποτυπώνεται και στο ρεμπέτικο τραγούδι του Βαγγέλη Παπάζογλου
«Πέντε χρόνια δικασμένος» το οποίο ηχογραφήθηκε το 1934. Στους στίχους
αναφέρονται οι δυσκολίες ενός φυλακισμένου του Γεντί Κουλέ: «Πέντε χρόνια
δικασμένος μέσα στο Γεντί Κουλέ, από το πολύ σικλέτι το’ ριξα στο ναργιλέ».
Την περίοδο της κατοχής περισσότεροι από 500 κρατούμενοι στο Γεντί
Κουλέ εκτελέστηκαν. Δεκάδες ακόμη φυλακίστηκαν από το χουντικό
καθεστώς. Οι πολιτικοί κρατούμενοι συχνά διαμαρτύρονταν για τις συνθήκες
κράτησης και τη συμπεριφορά των δεσμοφυλάκων. Η κατάσταση δεν
βελτιώθηκε ιδιαίτερα μέχρι που ένας πολιτικός κρατούμενος, ο καθηγητής
Γεώργιος Αλέξανδρος Μαγκάκης, ο οποίος είχε φυλακιστεί στο Γεντί Κουλέ
την περίοδο της χούντας, κινητοποιήθηκε για να κλείσουν οριστικά οι
φυλακές.
Το 1989 οι φυλακές έκλεισαν και μεταφέρθηκαν στα Διαβατά. Το Γεντί
Κουλέ περιήλθε στην κυριότητα του Υπουργείου Πολιτισμού και μετατράπηκε
σε μουσείο, όπου οι επισκέπτες μπορούν να παρακολουθήσουν εκθέσεις
σχετικές με την βυζαντινή περίοδο και να θαυμάσουν από τα τείχη του τη θέα
της Θεσσαλονίκης.