La DSyETS ha definido como base para la elaboración del Plan Estratégico Nacional (PEN) los siguientes ejes estratégicos:
1. Acceso a la información y a los recursos necesarios para prevenir la transmisión del VIH, las hepatitis virales y otras ITS.
2. Acceso al diagnóstico oportuno y con asesoramiento de VIH, sífilis y hepatitis virales.
3. Atención integral de las personas con VIH-sida, ITS y hepatitis virales.
4. Reducción del estigma y la discriminación.