En 1872 Kundt, y también Röntgen, se trasladaron a la Universidad de Estrasburgo. Allí no pusieron trabas para otorgarle un nombramiento de profesor en 1874. Sus trabajos trataron el calor específico de los gases, conductividad térmica por los cristales y rotación del plano de polarización de la luz por los cristales. Un año más tarde aceptó ser profesor de matemáticas y química en la Academia Agrícola de Hohenheim. Allí no se cubrieron sus expectativas y de nuevo volvió a Estrasburgo, donde ocupó un puesto de profesor asociado de física teórica que le permitió dedicar mucho tiempo a la investigación. Esta fue una de sus etapas más productivas desde el punto de vista científico.
En 1879 aceptó el cargo de profesor y director del Instituto de Física de la Universidad Hessian-Ludwigs, en Giessen. Allí continuó su labor investigadora gracias a que disponía de buenas instalaciones y prepuestos económicos. Este puesto le permitió por vez primera tener una posición holgada. Trabajó temas como el de la relación de la luz con la electricidad.
En 1888 la Universidad de Utrecht, que no lo había aceptado como alumno, le ofreció la cátedra de física, pero Röntgen la rechazó. Tenía entonces cuarenta y tres años y una buena reputación como profesor e investigador.
Los cambios en las cátedras de física llevó a que se quedara vacante la de Würzwug. Fue entonces cuando Röntgen la ocupó. La Universidad ya disponía de un impresionante instituto de física con varios laboratorios, aulas, salas de conferencias, e incluso una residencia para su director (Physikalischen Institut der Universität Würzburg). Fue muy bien recibido por el claustro de profesores; entre ellos el histólogo Rudolf Kölliquer. Durante este periodo trabajó sobre todo en los efectos de la presión en las propiedades de los líquidos y sólidos.
En 1894 fallecieron tres de sus amigos; todos ellos hombres asociados a la ciencia: Augustus Kundt (su maestro), Heinrich Rudolf Hertz, y el inventor del oftalmoscopio Hermann Ludwig F. Von Helmholtz. Röntgen fue nombrado rector de la Universidad lo que le permitió demostrar sus intereses en otros campos distintos a la física.
12