En su afán de asistir al moribundo, contrajo la lepra al negarse a rechazar un mate que un paisano le ofreció. Cuando Brochero se enteró que estaba enfermo, presentó la renuncia definitiva al Curato de San Alberto, el 2 de febrero de 1908.
El sacerdote recibió la enfermedad como un don de Dios,
con tiempo para orar por todos los hombres. Brochero dijo en
una carta: "cuando pude trabajar Dios me dio el uso de todos los
sentidos, ahora,ya no los tengo. Bendito sea.", "pero es un grandísimo favor el que me ha hecho Dios de dejarme en la vida pasiva".
Su salud fue deteriorándose paulatinamente, sus últimos
años transcurrieron en la casa de su hermana Aurora, a una cuadra de la casa de ejercicios. Su hermana y su sobrina lo asistieron hasta el día de su muerte. Tras soportar intensos dolores, el
Cura Gaucho falleció el 26 de enero de 1914.
El 28 de enero de 1916 el Gobernador de Córdoba Dr. Ramón J. Cárcano dispuso que la Villa
del Tránsito pase a llamarse Villa Cura Brochero. El proceso de canonización se inició en la década
de 1960. Fue declarado venerable por el papa Juan Pablo II en 2004.
El 10 de mayo de 2012, una junta médica declaró que la recuperación del niño Nicolás Flores, que estuvo al borde de la muerte con pérdida de masa ósea del cráneo y masa encefálica, como resultado de un accidente automovilístico sufrido en Falda del Cañete (Córdoba) el 28 de
septiembre de 2000, carecía de explicación científica. Su padre, Osvaldo Flores, había pedido a
Brochero que intercediera por la vida de Nicolás.
El 7 de julio de 2012 se reunió una comisión de teólogos para observar el caso del supuesto
milagro atribuido a la intercesión del venerable cura Brochero. Los integrantes se expidieron positivamente en forma unánime. En octubre se reunió en sesión ordinaria una comisión integrada
por obispos y cardenales que estudiaron todo el proceso canónico y las conclusiones fueron elevadas al papa Benedicto XVI por el prefecto de la Congregación Pontificia para la Causa de los Santos, el cardenal Ángelo Amato. El 20 de diciembre de 2012, Benedicto XVI firmó el decreto de beatificación que validaba el milagro de Brochero. La ceremonia de beatificación tuvo lugar en la pequeña localidad cordobesa de Villa Cura Brochero el 14 de septiembre de 2013, durante el pontificado del papa Francisco. La ceremonia fue presidida por el cardenal Ángelo Amato, con la participación de unos 150 a 200.000 fieles, según las estimaciones.
Revista Elevación
"El sacerdote que no tiene mucha lástima de los pecadores es medio sacerdote.
Estos trapos benditos que llevo encima no son los que me hacen sacerdote;
si no llevo en mi pecho la caridad, ni a cristiano llego."
Cura Brochero
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