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2- La résistance acquise : C’est un caractère qui ne concerne que quelques souches d’une espèce donnée. La résistance acquise est moins stable, mais elle se propage souvent de façon importante dans le monde bactérien. Une bactérie peut acquérir une résistance aux antibiotiques par deux grands mécanismes génétiques.  La résistance chromosomique Elle résulte d’une mutation. C’est un phénomène rare, dû au hasard et qui n’est pas provoqué par la présence de l’antibiotique. L’antibiotique se contente de révéler la mutation de résistance en sélectionnant les bactéries mutantes. La probabilité de deux mutations simultanées est donc très faible. Cette indépendance des mutations constitue un des meilleurs arguments pour justifier l’association des antibiotiques. La résistance chromosomique est transmissible ; elle est permanente et a donc un caractère héréditaire.  La résistance extra- chromosomique (plasmidique) La résistance plasmidique est liée à la synthèse de protéines additionnelles et non à une modification des constituants normaux de la bactérie. Les bactéries porteuses de plasmides sont normales alors que les bactéries résistantes par mutation sont souvent fragilisées. De plus, de nombreux plasmides de résistance sont mobilisables ce qui permet un transfert horizontal ; ces transferts sont à l’origine d’une dissémination très importante de la résistance au sein des populations bactériennes ce qui fait qualifier la résistance plasmidique de "contagieuse ou infectieuse". Comme pour la résistance chromosomique, les gènes de la résistance extra-chromosomique ne sont pas induits par l’utilisation des antibiotiques qui se contentent de sélectionner les bactéries porteuses de tels gènes.