Durante su gestión se eliminó la censura y el estado de sitio que regía desde el
gobierno de Juárez Celman. Fue uno de los primeros políticos que sostuvo una
postura industrial para la Argentina, en una época en que el negocio del país era
exclusivamente la exportación de materias primas y la importación de productos
manufacturados. También fue uno de los primeros partidarios por los derechos
civiles de las mujeres en Argentina, solicitando que se les reconociera el
derecho a voto político.
Fue el hombre de mayor confianza que tenía Julio Argentino Roca, y ambos
trazaron el destino de la llamada Generación del 80. Sin embargo esa fuerte
unión se rompió cuando Pellegrini se alejó de Roca hacia 1901, para reclamar
una reforma electoral libre.