Otra explicación histórica sobre la tardía colonización de la isla fue su ubicación: en la zona más escondida del Golfo de México, en la frontera con las tribus indígenas mayas y tabascos, e inmediata a la región ístmica de Tehuantepec, unida a su extraordinaria riqueza maderera, pero, por ello mismo, seguro refugio de los bájeles que se dedicaban a su tráfico, por lo que siempre se constituiría en objeto de ambición de otros países.
Los problemas de la Colonia seguían en tierra firme, con una colonización lenta y difícil. Se avanzaba tan despacio que, por ejemplo, el 4 de septiembre de 1663, durante el gobierno provincial de Francisco Esquivel y de la Rosa, gobernador y capitán general de Yucatán, llegaron noticias valederas de que Isla de Tris se encontraba en poder de los piratas, quienes para aquel entonces ya explotaban, con grandes utilidades, el palo de tinte.