Otra explicación histórica sobre la tardía colonización de la isla fue su ubicación : en la zona más escondida del Golfo de México , en la frontera con las tribus indígenas mayas y tabascos , e inmediata a la región ístmica de Tehuantepec , unida a su extraordinaria riqueza maderera , pero , por ello mismo , seguro refugio de los bájeles que se dedicaban a su tráfico , por lo que siempre se constituiría en objeto de ambición de otros países .
Los problemas de la Colonia seguían en tierra firme , con una colonización lenta y difícil . Se avanzaba tan despacio que , por ejemplo , el 4 de septiembre de 1663 , durante el gobierno provincial de Francisco Esquivel y de la Rosa , gobernador y capitán general de Yucatán , llegaron noticias valederas de que Isla de Tris se encontraba en poder de los piratas , quienes para aquel entonces ya explotaban , con grandes utilidades , el palo de tinte .