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En el caso del ferrocarril en los puertos nacionales, hablamos del escaso desarrollo de infraestructura ferroviaria dentro de los recintos, congestión por falta de zonas con vías de intercambio de equipo ferroviario para facilitar la conectividad entre terminales marítimas y la terminal ferroviaria, descoordinación operativa entre empresas para proveer y retirar el equipo ferroviario y la normativa ineficaz para regular los derechos de arrastre y derechos de paso entre las diferentes empresas ferroviarias que
propicie competencia.
En los nodos fronterizos no existe necesariamente una ruptura en el modo de transporte, es decir, los contenedores en trenes de doble estiba procedentes de Estados Unidos cruzan la frontera normal mente en el mismo modo de transporte hasta alcanzar su destino. Lo mismo sucede con la mayoría de las cajas de tráiler que ingresan y salen por los puertos fronterizos del norte del pais.
Los procedimientos de inspección en la frontera se aprecian de distinta manera entre los actores de las cadenas. Por una parte el usuario, en general, sólo tiene quejas de demoras en la frontera por procedimientos de inspección, que atribuye a ineficiencia y falta de disposición de las autoridades. Los operadores ferroviarios perciben que la dinámica de operación de las aduanas no es congruente con la de los servicios multimodales; la verificación de los pedimentos toma varias horas (los convoyes pueden traer 100 contenedores); además consideran que en el caso de los trenes intermodales, que traen abiertos tránsitos in bond, no debería haber inspección en la frontera.
La inspección fronteriza privilegia a los trenes intermodales automotrices con respecto a cualquier otro servicio. En el caso de cualquier otra caja o contenedor no automotriz, la inspección sigue el procedimiento normal. Sin duda, uno de los aspectos peculiares de la frontera está constituido por la presencia de los