Se distinguen de los Comandos Operacionales básicamente en su constitución, su forma de empleo y en la delimitación o asignación de los ámbitos de responsabilidad. Sus funciones serán particulares y estarán relacionadas a la ejecución de operaciones y acciones militares conjuntas, así como operaciones multinacionales de diferente tipo y magnitud.
Los Comandos Especiales reciben los medios necesarios de las instituciones de las Fuerzas Armadas para la conformación y sostenimiento de su estructura operacional. Su misión, activación, desactivación y asignación de fuerzas son establecidas por el Presidente de la República a propuesta del Ministro de Defensa.
Asimismo, dependen del Jefe del Comando Conjunto de las Fuerzas Armadas y mantienen relaciones de coordinación con los órganos y unidades orgánicas del Comando Conjunto de las Fuerzas Armadas así como con las instituciones de las Fuerzas Armadas.
Escuela Conjunta de las Fuerzas Armadas En el 2008 con el fin de favorecer el accionar conjunto y estandarizar los procedimientos de instrucción superior, se dispuso la creación e implementación del Curso de Comando y Estado Mayor de la FF. AA. Posteriormente en el 2013, se creó la Escuela Conjunta de las FF. AA., que, como órgano académico, se encarga de desarrollar programas de educación dirigidos al conjunto de las Fuerzas Armadas.
Mediante la Resolución Ministerial N.° 644-2009 DE / SG, se aprobó la directiva N.° 020 que estableció las normas y procedimientos para que el sistema educativo del sector Defensa se integre al Sistema Educativo Nacional, además para supervisar el proceso educativo de las instituciones educativas del sector Defensa que involucren la formación profesional en el más alto nivel de especialización y perfeccionamiento, desarrollando estrategias para brindar una educación de calidad.
En la actualidad la Escuela imparte entre otros cursos: El Programa de Comando y Estado Mayor Conjunto de la FF. AA., dirigido a oficiales superiores para el comando y conducción de las operaciones y acciones militares hasta el nivel operacional, así como integrar los estados mayores institucionales conjuntos y combinados, administrando adecuadamente los recursos que se le asignen.
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