El río de mayor importancia para el municipio es de Los Plátanos, el cual se origina en las montañas de Jalapa y santa Rosa. Sirve de límite entre Sanarate y San Antonio La Paz. Actualmente abastece de agua potable a la cabecera municipal de Sanarate, y es fuente de agua para regar miles de manzanas de terreno. Las Aldeas Sansirisay, El Llano y Llanos de Morales, dependen de la agricultura con riego por gravedad proveniente de este río; y la aldea San Miguel Conacaste usa el riego por goteo en cientos de manzanas de tierra.
Río Plátanos
Río Ostúa
El río Ostúa es un corto río que se encuentra localizado entre los departamentos de Jalapa y Jutiapa del País de Guatemala. Se origina en como Ostúa o Grande en el municipio de San Carlos Alzatate, departamento de Jalapa, a unos 3 kilómetros aproximadamente al este-sureste de la aldea Pino Zapatón de la confluencia del río Grande y del arroyo El Chorro.