En los periodos 1990 a 1994 y 1998 a 2006, se registraron la mayor cantidad de casos de ejecuciones extrajudiciales en el marco de masacres, perpetradas por Agentes Estatales o con aquiescencia de los mismos (Masacre Extendida), en comparación con el periodo 2010- 2016. En los tres periodos se presentaron ejecuciones extrajudiciales y sumarias. Los dos casos de desaparición forzada de personas como delito continuado y de ejecución permanente datan exclusivamente del periodo 1990 a 1994, veamos:
En los años 90´s con el fortalecimiento de redes clandestinas de sicariato creadas por organismos de inteligencia militar (Vr. G, Red de inteligencia No. 7 de la Armada Nacional) las masacres y los asesinatos selectivos contra civiles eran ejecutados en lugares estratégicos donde se consideraba que la insurgencia tenía un respaldo social. Desde entonces se implementa la modalidad de ejecuciones extrajudiciales y sumarias realizando una selección de víctimas civiles; simulando combates y presentando posteriormente a las víctimas como insurgentes dados de baja en los supuestos enfrentamientos, como veremos más adelante.
La Comisión Interamericana de Derechos Humanos señaló en el caso WILFREDO QUIÑONEZ BARCENAS y otros, que:
“las fuerzas de seguridad del Estado algunas veces dan a entender a la prensa y al público que los individuos muertos eran miembros de grupos armados disidentes dados de baja en combate” 24. La Comisión indicó estar “extremadamente preocupada por esta información que indica que las fuerzas de seguridad del Estado llevan a cabo ejecuciones extrajudiciales de individuos que se cree que apoyan a la guerrilla por encontrarse en un área específica o por su supuesta participación indirecta en hostilidades”.
El anterior modus operandi en la perpetración de las ejecuciones extrajudiciales fue identificado con mayor especificidad por los relatores de las Naciones Unidas en 1995, quienes indicaron que “con frecuencia, los civiles muertos durante esas operaciones son presentados más tarde al público como guerrilleros muertos en combate, y los soldados visten a los cadáveres con ropa militar y les colocan armas o granadas en la mano”. Los Relatores indicaron a su vez que la “tortura y los malos tratos suelen ser parte de otras violaciones de los derechos humanos, en particular las ejecuciones sumarias o las desapariciones”