Με την έκρηξη της Επανάστασης , ο Μάρκος Μπότσαρης πήρε μέρος στις νικηφόρες μάχες στο Κομπότι της Άρτας (
3 Ιουλίου 1821 ) και στην Πλάκα ( Σεπτέμβριος 1821 ). Στις
12 Νοεμβρίου 1821 συμμετείχε στην πολιορκία και την άλωση της Άρτας (
17 Νοεμβρίου 1821 ).
Στις
4 Ιουλίου 1822 , με 32 συντρόφους , πήρε μέρος στην καταστροφική μάχη του Πέτα , που σήμανε την οριστική παράδοση του Σουλίου στους Οθωμανούς .
Στις
12 Οκτωβρίου 1822 , με τη βοήθεια του Αλέξανδρου Μαυροκορδάτου , προήχθη σε στρατηγό , προκαλώντας την αντίδραση των άλλων οπλαρχηγών . Η στάση τους τον εξόργισε και ενώπιόν τους έσκισε το χαρτί του διορισμού του , λέγοντας : « Όποιος είναι άξιος παίρνει το δίπλωμα μεθαύριο μπροστά στον εχθρό ».