Το 1820 , μαζί με τον θείο του Νότη και άλλους Σουλιώτες , πολέμησε στο πλευρό των σουλτανικών δυνάμεων , που πολιορκούσαν τον ανυπάκουο Αλή Πασά στα Ιωάννινα , έχοντας λάβει την υπόσχεση ότι θα ξαναγυρνούσαν στην πατρίδα τους .
Βλέποντας ότι οι Τούρκοι αθετούσαν την υπόσχεσή τους , ο Μπότσαρης ήρθε σε συνεννόηση με τον Αλή Πασά και του ζήτησε τον επαναπατρισμό των Σουλιωτών , με αντάλλαγμα τη βοήθειά τους στον αγώνα του εναντίον των στρατευμάτων του Σουλτάνου .