Οι δε πολίτες διατάχθηκαν να αποφεύγουν κάθε επικοινωνία με τον « εχθρό της πατρίδας », τον Καραϊσκάκη , εφόσον αυτός « δεν μετανοήσει και προσπέσει στο έλεος των Ελλήνων και ζητήσει συγχώρησιν ». Έτσι ο Καραϊσκάκης με πολλούς οπαδούς του αναχώρησε από το Αιτωλικό και μετέβη στο
Καρπενήσι . Εκεί κρύφτηκε στην
Ιερά Μονή Προυσού , όπου ακόμα σήμερα υπάρχει η κρύπτη του Γεωργίου Καραϊσκάκη .
Στις 27 Μαΐου του ίδιου έτους ζήτησε εγγράφως συγνώμη από τον Α . Μαυροκορδάτο , που όμως δεν εισακούσθηκε . Τελικά στις 25 Ιουνίου 1824 κατέφυγε στο
Ναύπλιο όπου η Κυβέρνηση του αναγνώρισε όλους τους βαθμούς και τα αξιώματά του .