Ο Καραϊσκάκης επέστρεψε από την Ιθάκη στο
Μεσολόγγι και ζήτησε να διορισθεί αρχηγός των ελληνικών πλέον όπλων της επαρχίας των Αγράφων . Όλοι οι οπλαρχηγοί ήταν υπέρ του , ενώ εναντίον του ήταν μόνο ο Μαυροκορδάτος , που ηθελημένα παρα γνώριζε τον Καραϊσκάκη προκειμένου να υποστηρίξει τον
Γιαννάκη Ράγκο .
Τότε ο Μαυροκορδάτος κατηγόρησε τον Καραϊσκάκη ότι είχε στείλει επιστολή στον
Ομέρ Βρυώνη με την υπόσχεση να του παραδώσει το Μεσολόγγι και το Αιτωλικό . Έτσι διόρισε επιτροπή προκειμένου να εξετάσει την " αποκάλυψη προδοσίας ".
Στις 2 Απριλίου 1824 εκδόθηκε προκήρυξη των εγκλημάτων του Καραϊσκάκη με τον τίτλο « Προσωρινή Διοίκηση της Ελλάδος ». Κατά την προκήρυξη η επιτροπή έκρινε τον Καραϊσκάκη ένοχο « εσχάτης προδοσίας » άνευ δίκης . Πάντως ο Καραϊσκάκης στερήθηκε όλων των βαθμών και των αξιωμάτων του και διατάχθηκε να αναχωρήσει από το Αιτωλικό .