Εμπορικές δραστηριότητες
Σύντομα αναδείχθηκε σε μεγάλο τραπεζίτη και μεγαλέμπορο της εποχής εκείνης , σεβαστό ακόμα και στους Τούρκους μπέηδες , τους οποίους πολλές φορές στήριζε οικονομικά , δανείζοντάς τους σημαντικά ποσά για τις συναλλαγές τους , ενώ η μεγάλη του εμπορική δραστηριότητα ξεπέρασε τα σύνορα , με υποκαταστήματα στη Θεσσαλονίκη , Κωνσταντινούπολη και Βιέννη , ενώ στις δύο τελευταίες πόλεις ίδρυσε και δικές του τράπεζες .. Η μεγάλη περιουσία του τού επέτρεπε να κάνει πολλές φιλανθρωπίες , ενώ συχνά εξαγόραζε θανατικές ποινές συμπατριωτών του .
Μετά το θάνατο του Ισμαήλ Μπέη , την εξουσία στην περιοχή των Σερρών αναλαμβάνει ο γιος του , Γιουσούφ Μπέης , ο οποίος αποδεικνύεται αισχροκερδής και σπάταλος , δημιουργώντας τεράστια χρέη προς τον Εμμανουήλ Παπά τα οποία αδυνατεί να πληρώσει . Το 1817 οι σχέσεις των δύο ανδρών χειροτερεύουν με τον Γιουσούφ να εκδηλώνει δολοφονικές διαθέσεις εναντίον του Παπά , γεγονός που οδηγεί τον τελευταίο να εγκαταλείψει την περιοχή των Σερρών μαζί με τον γιο του , Ιωάννη και λίγους επίλεκτους Σερραίους , γεγονός που τον λύπησε , αφού αναγκάστηκε και άφησε ανυπεράσπιστους τους συμπολίτες του υπό την τυραννία του αισχροκερδή Τούρκου διοικητή . Η ομάδα του Παπά εγκαθίσταται στην Κωνσταντινούπολη , ενώ η οικογένειά του τέθηκε υπό την προστασία του Μητροπολίτη Σερρών ( και από το 1824 Πατριάρχη ) Χρύσανθου , ύστερα και από την απόπειρα του Γιουσούφ να πυρπολήσει το σπίτι του Παπά .