Oficiais do 28º Batalhão de Infantaria, 1897 (Flávio de Barros Acervo Museu da República).
O profeta achava que o regime republicano era pecador, pois separava o Estado da Igreja que teria autoridade para legitimar os governantes, Conselheiro representava uma figura perigosa e o estado republicano agora com seu primeiro presidente civil, precisava demonstrar força e que não toleraria as ideias monarquistas, mesmo não sendo esse o proposito de Canudos.
Uma terceira expedição foi organizada em março de 1897, agora pelo governo federal. A expedição foi enfraquecida pelas guerrilhas em seu trajeto e derrotado no assalto final do arraial, com a morte de seu comandante Antônio Moreira César. Devido ao alto número de feridos o exercito bateu em retirada no que foi visto como uma grande humilhação.
Em abril de 1897 o ministro da guerra Marechal Carlos Machado de Bittencourt em pessoa preparou uma nova expedição, ela foi formada por diversas colunas que somadas contabilizavam 10000 soldados e com mais de 10 peças de artilharia, incluindo um canhão que foi apelidado de “a matadeira” pelos sertanejos. O comandante do exercito determinou um cerco e estabeleceu diversas linhas de suprimento para a infantaria. O arraial foi cercado e bombardeado com diversos combates em que mais de mil soldados foram mortos ou feridos.
Em setembro de 1897 o cerco é fechado e assim, começa o ataque final ao povoado, nesse mês Antônio Conselheiro morre por complicações de saúde, provavelmente do longo jejum em que ele se submeteu como penitência pela guerra. O povo foi incendiado e a maioria de seus habitantes que se renderam, incluindo todos os homens tiveram suas cabeças cortadas, assim como o corpo de Conselheiro que foi desenterrado e sua cabeça foi levada para Salvador.
Entre 15 e 25 mil pessoas morreram em Canudos, as denuncias da violência cometida geraram diversos manifestos na época. Hoje, partes das ruinas de Canudos estão submersas pelo Açude Cocorobó. Outros lugares entretanto estão preservados no Parque Estadual de Canudos, que busca discutir e preservar a memória de um importante evento da história brasileira.