Canudos
Um episódio de outubro de 1896 será o estopim para o que ficou conhecido como Guerra de Canudos. O santo buscava construir uma nova Igreja no arraial, para isso comprou uma remessa de madeira da cidade próxima de Juazeiro, o representante de Canudos passa a se queixar da demora da entrega da madeira que já estaria paga. Boatos começam a se espalhar que Juazeiro seria invadida pelos sertanejos como represália. O prefeito solicita ao governo do Estado que envie policiais qual partem para Canudos, no dia 21 de novembro de 1896 a tropa de aproximadamente 120 soldados é emboscada por mais de 1000 conselheiristas, armados com facões, lanças e ferramentas de fazenda.
Os policiais armados com revolveres e rifles conseguem derrotar a população após horas de combate, porém a expedição não tinha mais capacidade de atacar Canudos e retornam até Juazeiro. Em janeiro de 1897, outra expedição militar foi organizada contra o arraial, os jagunços agora melhor organizados e com armas tomadas da policia resistiram e derrotaram a expedição que perdeu quase metade de seus homens. Tal caso tomou conta de todo o país e o assunto tornou-se um dos principais da imprensa, como parte da busca pelo apoio contra Canudos o governo do então presidente Prudente de Morais passou a retratar Conselheiro como um líder de um governo revolucionário, que buscava partir em direção a capital para depor o governo republicano e reinstalar a monarquia.
A igreja da vila de Canudos após o fim da guerra