Por conveniencia política, el evento fue criticado por los colonos españoles quienes enviaron sus quejas al rey Felipe II, argumentando que "en lugar de doctrina, los indios recibían miserables tormentos y que Diego de Landa había sobrepasado sus atribuciones como provincial".55 El 14 de agosto de 1562 se instaló en Mérida el Obispo fray Francisco del Toral, y Landa realizó en abril de 1563 un viaje a España para presentar su defensa. Las acusaciones se fundamentaban en un abuso de atribuciones de autoridad por parte del fraile, pero no procedieron debido a que la normatividad establecía que a falta de obispo residente, el provincial quedaba facultado para ejecutar los trabajos de inquisidor.56
Durante esa época, Landa escribió los manuscritos conocidos como Relación de las cosas de Yucatán los cuales fueron archivados, y descubiertos hasta 1862 por el abad Charles Étienne Brasseur de Bourbourg, para ser publicados a finales del siglo XIX; desde entonces han sido de vital importancia para el estudio y comprensión de la cultura maya. A pesar del controvertido hecho histórico del Auto de fe de Maní, cuando murió Francisco del Toral, un segmento de los jefes mayas solicitaron que Diego de Landa fuera designado como nuevo obispo de Yucatán, la petición tuvo éxito y el fraile ejerció el cargo desde 1572 hasta su muerte en 1579.57
En 1588 en la península de Yucatán se habían instalado 22 conventos, cuyos frailes eran coordinados por el Obispo de Yucatán, y la zona se había convertido en una diócesis sufragánea del Arzobispo de México. Las villas más importantes eran Santa María de la Victoria en Tabasco,Valladolid, San Francisco de Campeche, Salamanca de Bacalar y la ciudad de Mérida en cuya catedral residía el Obispo.58
Se establecieron escuelas para enseñar a los nativos a leer y escribir con el alfabeto latino el idioma español y el idioma maya, también se impartió la doctrina y moral cristiana. Nakuk Pech fue bautizado como Pablo Pech y escribió la Crónica de Chicxulub en 1562, el nieto del halach uinik de los tutul xiúes fue bautizado como Gaspar Antonio Xiu, aprendió español, maya y latín, junto con Martín de Palomar escribió una relación histórica y de costumbres que fue dirigida al Rey en 1579.
Se enseñaron también algunos oficios, y debido a ello en poco tiempo en cada pueblo hubo indios herreros, herradores, freneros, cerrajeros, zapateros, carpinteros, silleros, oyeros, arrieros, albañiles, canteros, sastres, pintores, entalladores y escultores.59