Inicio de la época colonial
En 1547 arribaron cinco frailes franciscanos a la península de Yucatán, entre ellos Diego de Landa, quién fue nombrado asistente de guardián deIzamal, iniciando dos años más tarde los trabajos de construcción del convento de la localidad. En 1552 fray Juan de San Francisco fue nombrado obispo de Yucatán, pero renunció en 1557 sin haber pisado la nueva diócesis; fray Juan de la Puerta fue nombrado su sustituto, pero murió enSevilla antes de cruzar el Océano Atlántico, por tales motivos la diócesis de Yucatán funcionó como una prelatura territorial hasta la llegada del obispo Francisco del Toral.
Siendo guardián de la ciudad de Mérida y antes de la llegada del nuevo obispo, el 13 de septiembre de 1561 Diego de Landa fue nombradoprovincial o máxima autoridad eclesiástica de la península, durante ese tiempo promovió la evangelización de los mayas, sin embargo la tarea fue motivo de controversias, por una parte los encomenderos se quejaron porque los mayas descuidaban las labores asignadas en las encomiendas a causa de asistir a las clases de catecismo, y por otra parte un segmento de la población maya aún se rehusaba a la aceptación de la fe católicanegándose a abandonar sus ancestrales rituales religiosos; fueron reportados incidentes de sacrificios o intentos de sacrificios humanos por parte de varios jefes mayas, entre ellos, Lorenzo Tuit y Luis Pech en 1558, Gaspar Che en 1562. Ante esta perspectiva Landa decidió ordenar la detención de los batabob de Pencuyut, Tekit, Tikunché, Hunacté, a Francisco Montejo Xiu de Maní, Diego Uz de Tekax, Francisco Pacab deOxkutzcab, Juan Pech de Mama y algunos otros, a quienes se les escarmentó.54
En una acción drástica el 12 de julio de 1562 se realizó el Auto de fe de Maní durante el cual se incineraron ídolos de diferentes formas y dimensiones, grandes piedras utilizadas como altares, piedras pequeñas labradas, vasijas y códices con signos jeroglíficos. El objetivo era lograr la conversión de los nativos, algunos de ellos aceptaron la fe católica, pero otros idearon medios para intentar preservar sus cultos religiosos. El resultado negativo de esta acción, fue la casi total pérdida de la historia escrita en códices de la cultura maya.