El sistema endocrino abarca los mecanismos hormonales que regulan el funcionamiento general de los animales, siendo reconocido como un sistema de integración que es capaz de responder a cambios en las condiciones del medio, incluyendo la exposición a agentes potencialmente lesivos o compuestos xenobióticos. Estos últimos han demostrado causar disturbios hormonales gracias a la capacidad de ejercer tanto acciones antagonistas, como agonistas y de supresión de las cascadas hormonales, o interferir en la secreción o sitio de acción de las mismas (receptores de estrógenos/andrógenos) (Zou, 2005; Iguchi et al., 2007). Estos efectos pueden evidenciarse desde etapas prenatales (e.g. embriogénesis, desarrollo fetal, etc.) hasta los estados adultos (e.g. pubertad, ciclos reproductivos). Los herbicidas han demostrado tener efectos de disrupción endocrina en diferentes especies animales incluyendo el hombre (Neubert, 1997). En los animales la disrupción endocrina se caracteriza por cambios en los patrones de secreción de hormonas sexuales, andrógenos y estrógenos, que conllevan, según el estado de desarrollo, a alteraciones irreversibles en estados prenatales, así como a problemas reproductivos en estados posnatales.
La introducción de los herbicidas del tipo chlorophenoxy y su posible contaminación por las dioxinas condujo, a partir de los años 1980, a numerosas investigaciones concernientes a sus implicaciones en la aparición de malformaciones congénitas. La mayor parte de estos estudios no pusieron en evidencia una asociación significativa. A principios de los años 1990, un estudio americano reportó un aumento del riesgo de aparición de anomalías congénitas del tractus digestivo en la descendencia de mujeres residentes en zonas donde se usó el Malathión®, un insecticida organofosforado. En Colombia, la utilización de herbicidas por las mujeres fue asociado de forma significativa con la aparición de anomalías menores en sus hijos. Un estudio en Estados Unidos remarcó un aumento de ciertas categorías de malformaciones congénitas, anomalías del sistema nervioso central y de labio leporino, en asociación con una exposición a los pesticidas o a lugares de residencia materna próximos a campos cultivados sin otras precisiones sobre los productos empleados. En España, un estudio ecológico mostró un lazo significativo entre la cantidad de pesticidas empleados y la aparición de testículos no descendidos evaluados por la tasa de intervenciones quirúrgicas de esta afección. Una investigación de tipo caso-control realizada en Dinamarca sugiere igualmente una asociación positiva entre la actividad de jardinería de las madres, sin precisión sobre los pesticidas empleados y la aparición de criptorquidia. Las exposiciones maternales pre o post-concepcionales pudieran estar en el origen de resultados desfavorables del embarazo (aborto, retardo del crecimiento intrauterino y prematuridad). Diversos trabajos sugieren un efecto de la exposición materna a los pesticidas sobre el riesgo de mortalidad intrauterina y sobre la disminución del crecimiento fetal, pero el alcance de las conclusiones es limitado por los numerosos problemas metodológicos. No obstante se pueden señalar dos estudios recientes. Uno es exploratorio y constata que la exposición preconcepcional a pesticidas del tipo chlorophenoxy y triazinas conduce a un aumento moderado de los partos precoces, mientras que la exposición a herbicidas tales como el glyphosate o del tipo thiocarbamatos es asociada a partos tardíos. El otro, suficientemente convincente, muestra una asociación significativa entre prematuridad y concentración sérica materna de DDE, uno de los metabolitos biológicamente activos del DDT, dosificados estos en el curso del embarazo. (Baños, 2009)