Una de las primeras diferencias de las plantas acuáticas es que carecen de madera. Las plantas acuáticas tienen una consistencia herbácea porque viven en un medio que puede sostenerlas sin necesidad de desarrollar estructuras lignificadas. En la tierra los árboles y arbustos han desarrollado la madera para aguantar el peso de sus copas y separarlo del suelo en busca de la luz. Las plantas acuáticas contienen unos elementos de flotación que les permiten flotar en el agua, viven sumergidas en el agua, como la valisneria( Valisneria ssp.). Otras solamente tienen las flores fuera del agua y su organismo dentro de ella, como la elodea( Elodea canadienses)
Para absorber agua del suelo las plantas terrestres necesitan de un sistema radical fuerte, que al mismo tiempo, les garantiza su estabilidad al mantenerlas bien estables en su medio. Las plantas acuáticas no necesitan disponer de raíces muy potentes, les basta con pequeñas radículas a través de las cuales absorben los minerales y el agua. Más aún, estas plantas pueden hacer la misma función a través de las superficies de contacto con el agua, las cuales, para lograr este cometido, son tiernas. Es especialmente destacable la finura de la superficie externa de las plantas acuáticas sumergidas que les permite absorber minerales y oxígeno disuelto en el agua.
El principal problema con el que luchan las plantas terrestres es la desecación. El medio aéreo absorbe la humedad por lo tanto las plantas deben tener unos dispositivos que les permitan conservar el agua. Las superficies verdes de las plantas terrestres están cubiertas de una cutícula que evita la pérdida de agua al mismo tiempo que las defiende del ataque de hongos y bacterias.
La cutícula consta de ceras y cutina que le proporciona impermeabilidad. Esta capa puede ser mayor o menor de acuerdo a las condiciones ambientales. Así, por ejemplo, las plantas de ambientes muy secos, como los cactus, poseen una cutícula muy gruesa. La transformación de las hojas en espinas o el fenómeno de la suculencia son otras adaptaciones de los cactus para conservar agua. Las plantas acuáticas no necesitan estas adaptaciones porque disponen de toda el agua necesaria.
Las hojas de todas las plantas terrestres cuentan con estomas que son una especie de válvulas que permiten la entrada y salida de los gases. A través de ellos las plantas toman dióxido de carbono y expulsan oxígeno. Al mismo tiempo, al abrirse también expulsan agua, mediante el proceso llamado transpiración. Para evitar una perdida excesiva de agua las plantas tienen la posibilidad de cerrar más o menos o incluso completamente las estomas. Algunas plantas que viven sobre
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