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Los banqueros estadounidenses, liderados por el magnate J. Pierpont Morgan, se decidieron a apoyar la independencia de Panamá y el 27 de octubre se produjo una invasión armada por Penonomé. Los directores de la compañía del ferrocarril de Panamá compraron a varios líderes panameños y al general Esteban Huertas, jefe de la Guardia colombiana. En julio de 1903, un hermano de Alfredo Vásquez Cobo, Ministro de Guerra de Colombia, el jefe militar de Panamá, José Vásquez Cobo, dio un golpe en el Istmo y depuso al gobernador, Facundo Mutis Durán.
Marroquín, en vez de sancionar al golpista, nombró gobernador al más reconocido de los separatistas panameños, José Domingo de Obaldía. El gobierno de Marroquín hizo caso omiso de los rumores de separación a tal punto que el 3 de noviembre de 1903, Pablo Arosemena despachó a Marroquín un telegrama desde Ciudad de Panamá dando un parte de normalidad en el istmo. En la mañana del mismo día, un movimiento de dirigentes panameños apoyados por parte de la población proclamó la independencia y constituyó la República de Panamá, la cual fue reconocida por los Estados Unidos al día siguiente y con la que establecieron relaciones el 6 de noviembre, día en que llegó a Bogotá la noticia de la separación.