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En mayo de 1901, los Estados Unidos e Inglaterra firmaron el tratado Hay-Pauncefote con el que se desconoció la soberanía colombiana en el istmo, al cual se le dio el estatus de “zona de importancia internacional”. El presidente Marroquín intentó negociaciones para salvar la soberanía colombiana sobre istmo, y envió a Washington a Carlos Martínez Silva, quien poco después renunció a causa de la gravedad de la situación.Marroquín puso entonces al frente de las negociaciones a José Vicente Concha, quien se enfrentó a un hostil congreso estadounidense. En ese año, el senado de los Estados Unidos aprobó el bill Spooner, con el cual se definió que la ruta del canal sería la de Panamá (y no la de Nicaragua o México), se autorizó al presidente Roosevelt a indemnizar por 40 millones de dólares a la compañía francesa dueña de los derechos, y a obtener perpetuidad una faja de tierra de 8 km de ancho a cada lado del canal. Concha rechazó la propuesta dejando en claro que la soberanía de Colombia en el istmo no estaba en discusión, y solicitó el aumento de la suma ofrecida a Colombia para ceder a Estados Unidos la concesión del canal una vez la compañía francesa hubiese vendido de sus derechos. Concha terminó renunciando a causa de la intención de Marroquín de aceptar las condiciones de los Estados Unidos, por lo que el presidente lo reemplazó por Tomás Herrán, quien aprovechó la ratificación de Alemania de construir el canal para firmar el tratado Herrán–Hay (22 de enero de 1903), con el que Estados Unidos concedió a Colombia lo que había solicitado Concha al congreso estadounidense.
El tratado Herrán–Hay fue atacado en el Senado por el expresidente Miguel Antonio Caro, principal opositor de Marroquín. Caro convenció al congreso de que el Herrán-Hay era lesivo para los intereses y la soberanía de Colombia, el cual votó mayoritariamente en contra del tratado el 18 de agosto, lo que originó un escándalo mundial.