La primera pregunta que nos plantea la historia de esta disciplina es en qué medida
la religión influyó o continúa influyendo en las ideas que en ella se han planteado. Desde un
punto de vista, la idea de un centro de creación de las especies y a partir de ahí su dispersión
al resto del planeta fue el eje de las primeras ideas sobre la distribución de los seres vivos,
pero aun cuando aparentemente esas ideas quedaron atrás con la aparición de
los naturalistas, se tenía una noción de que el eje principal de la distribución era la dispersión,
la idea estaba influida indirectamente por las ideas religiosas y filosóficas.
No fue sino hasta la introducción de las ideas vicariancistas de Alfred Russel Wallace en el
siglo XIX cuando el enfoque empezó a cambiar verdaderamente. Es en ese punto donde se
marca una nueva etapa en la historia de la biogeografía, acompañada por el
nuevo paradigma de la biología, la teoría de la evolución, aunque algunos autores ya habían
planteado ideas evolucionistas antes que Darwin, pero sin haberlas concretado o solo como
ejemplos aislados. Y sin duda la evolución cambió a la biogeografía como cambió a todas las
demás ramas de la biología. “La biogeografía de Charles Darwin y Wallace predominaría por
casi un siglo, aniquilando la idea de la dispersión en esta ciencia y circunscribiéndola
básicamente a aspectos ecológicos” El fin de la llamada biogeografía Darwinista termina en la
etapa de la biogeografía contemporánea, donde se buscan los factores que anteriormente se
dejaban como productos del azar, además como en todas las ciencias, se ven cambiadas por
el desarrollo tecnológico y del pensamiento, en este caso se toma en cuenta la teoría tectónica
de placas, se tiene la tecnología para el análisis filogenético, y se rechazan algunas teorías
que se consideran obsoletas. Es para la biogeografía una revolución científica, que conlleva a
un cambio de paradigma. Los resultados son, numerosos enfoques distintos, basados en
diferentes criterios de búsqueda y análisis. Entre los que destacan la panbiogeografía y la
biogeografía cladista. Esta última basa su método en tres pilares: el método cladista,
la tectónica de placas, y la crítica al modelo dispersionista hecha por León Croizat y se
considera una de las principales escuelas actuales de la biogeografía histórica. En parte por el
impacto que ha tenido el cladismo en la sistemática, la cual está íntimamente relacionada con
la biogeografía, ya que incluso son áreas de los mismos autores.