Los orígenes, las dinámicas y el crecimiento del conflicto armado miento de guerrilleros y de planeación de diversas operaciones de guerra móvil. Pero tal vez la acción violenta que afectó la negociación de forma irremediable fue el secuestro y asesinato de los tres indigenistas norteamericanos que estaban realizando una campaña de solidaridad a favor de los indígenas uwa en el departamento de Arauca. El hecho, acaecido el 9 de marzo de 1999, suscitó una crisis en el desarrollo del proceso de negociación. 160 Además, produjo el comienzo del cambio de actitud de los Estados Unidos frente al proceso de negociación con las farc. El Gobierno norteamericano no solo suspendió cualquier diálogo formal e informal con esta organización guerrillera, sino que también empezó a reducir el compás de espera que le había dado al Gobierno de Pastrana con respecto al proceso de paz.
Para enrarecer más el ambiente, los paramilitares trataban de presionar en contra de las negociaciones: ante el anuncio del Gobierno de establecer una prórroga indefinida en la zona de distensión acordada con las farc, las autodefensas secuestraron a la senadora liberal Piedad Córdoba, el 21 de mayo de 1999. Con esta acción buscaron sabotear el relativo ambiente de entendimiento en la mesa de negociación y la posibilidad de una ley permanente de intercambio de prisioneros en la mesa de negociaciones. Las auc propusieron la pronta conformación de una comisión por parte del Gobierno para el establecimiento de una mesa paralela de negociación con ellos.
En noviembre del año 2000, cuando el proceso con las farc parecía tomar un nuevo aire con el trámite de una ley de canje en el Congreso, el jefe paramilitar Carlos Castaño secuestró a siete congresistas, en lo que llamó una acción de protesta:“ nosotros aceptamos que tomamos a los congresistas y nos declaramos en rebelión contra el presidente Pastrana, debido a su equivocada política de negociación con la guerrilla” 161.
Esta acción perpetrada por los paramilitares— lo mismo que las entrevistas, acercamientos y gestiones de importantes miembros del Gobierno para permitir la liberación de los congresistas— fueron rechazados
160. Revista Noche y Niebla 11( enero-marzo de 1999). 161. El Colombiano( 2 de noviembre de 2000), 11A. por las farc, que inmediatamente suspendieron el proceso de diálogo en los temas que se venían adelantando: canje y cese al fuego y de las hostilidades. Estos contrastes hicieron que, hacia mediados de septiembre del 2000, el proceso con las farc entrara definitivamente en crisis, pues la aprobación del Plan Colombia ahondó la distancia entre las partes y rompió las confianzas que se habían generado. En ese año, las acciones militares de las farc estuvieron encaminadas hacia un triple propósito: atacar a poblaciones aisladas, donde la reacción de las Fuerzas Armadas era retardada; realizar acciones de guerra mediante carros bomba y bombas en centros urbanos cercanos a las grandes ciudades; y efectuar secuestros y extorsiones para financiarse y producir pánico colectivo.
Además, para el año 2001, el contexto internacional se había venido modificando sustancialmente a partir de los atentados terroristas del 11 de septiembre en Estados Unidos, que crearon un clima internacional cada vez menos dispuesto a tolerar las actividades terroristas antes justificadas en causas políticas. En diferentes sectores de Estados Unidos, se empezó, entonces, a abrir camino la idea de ampliar el uso de los recursos del Plan Colombia, dedicados exclusivamente al combate contra el narcocultivo y el narcotráfico, para utilizarlos también en el combate abierto contra los grupos guerrilleros. En adelante, la amenaza narcoterrorista cambió profundamente su significado y quedó vinculada al conflicto armado. Este vínculo se reforzó con la creciente injerencia de las guerrillas y los grupos paramilitares en las distintas etapas de la economía cocalera, lo que fue posibilitado por la caída de los grandes carteles de la droga y la atomización de las redes del narcotráfico.
En el plano militar nacional se hacía también cada vez más obvio el endurecimiento y la polarización de los actores armados: por una parte, las Fuerzas Armadas se mostraban más fortalecidas y eficientes. Se empezó a evidenciar una iniciativa militar antes no tan clara, mientras que las farc adelantaban acciones militares encaminadas a recuperar zonas donde antes habían predominado, como en el Urabá antioqueño y chocoano, a la vez que trataban de apoderarse de zonas de donde el avance paramilitar había obligado al retiro del eln.
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