El reglamento de operación del programa Pueblos Mágicos indica que al momento del nombramiento de la localidad es necesario que se conforme un Comité Pueblo Mágico, el cual tiene como propósito ser vínculo entre la sociedad y el gobierno municipal y las estrategias que desarrollan. Sin embargo, encontramos que en Valle de Bravo el comité se conformó en un principio y luego dejó de ser operante debido a que los miembros perdieron interés y el gobierno municipal comenzó a ignorarlos.
Podemos observar que claramente no se cumplen los lineamientos del programa debido a que hoy en día el comité es inoperante y ha llegado al punto de ser ignorado por el gobierno municipal en la toma de decisiones. De esto podemos decir que en el caso de Valle de Bravo no existe un sistema eficiente de controles administrativos y sanciones sociales capaces de hacer responsable a los subordinados, es decir, no hay mecanismos de control al gobierno municipal y el comité, que tiene la encomienda de lograr la inclusión y vinculo del gobierno con la ciudadanía, puede ser evitado, minimizado o ignorado fácilmente por la administración central municipal, lo que deja fuera uno de los componentes más importantes del programa y uno de los pilares fundamentales del desarrollo turístico sostenible: la participación de la comunidad.
Estrictamente en el aspecto ecológico, el cual consideramos de fundamental importancia si consideramos que los recursos naturales y el componente arquitectónico son los pilares en los que Valle de Bravo basa su actividad turística. A pesar de esto, en la región se ve un importante descuido en estas áreas que ponen en riesgo su conservación y su propia atractividad en términos turísticos.
Cuerpos de agua
Los cuerpos de agua están bajo la presión de las actividades humanas. La tala, incendios forestales, el cambio de usos de suelo están disminuyendo la capacidad de escurrimiento y retención de humedad, esto propicia la erosión del suelo. La calidad de agua esta alterada por las descargas de aguas residuales, con la consecuente pérdida de flora y fauna acuática, esto afecta la actividad pesquera y genera daños a la salud de la población. (Secretaria de Medio Ambiente, 2008)
Se han dejado de lado los programas de competitividad, talleres de desarrollo de productos, y programas de capacitación para la atención turística (cultura turística) entre otros sectores que buscaban ser atendidos por el programa.