En octavos de final enfrentó a River Plate de Argentina, perdiendo 1 a 0 en el estadio Monumental y obteniendo un triunfo por el mismo marcador en su estadio. Esto llevó a una tanda de penaltis, en la que Escobar fallaría un penal decisivo, otorgando así el paso de River Plate a cuartos de final del torneo continental. Sin embargo, de la mano del estratega chileno Manuel Pellegrini, LDU se consagró campeón ecuatoriano de 1999, con la misma base del equipo del año pasado más el refuerzo de los extranjeros Ricardo " El Gato " Pérez y Ezequiel Maggiolo consiguió el segundo bicampeonato de su historia derrotando en el partido decisivo 3 a 1 a El Nacional con goles de Eduardo Hurtado en dos oportunidades y de Ezequiel Maggiolo.
DÉCADA DE LOS 2000
Mala participación en la Copa Libertadores del año 2000, en la cual quedó último en el Grupo 3, conformado por el América de México, Olimpia de Paraguay y Corinthians de Brasil, con un juego muy distinto al que siempre caracterizó al equipo albo. Fue un año de crisis económica, deportiva e institucional, incluso descendió a la Serie B disputando su último partido en ese año ante el Olmedo de Riobamba el 5 de noviembre de 2000. Al final del partido el equipo riobambeño empató 3 a 3, lo que consumó el descenso del club albo a la Serie B. LDU perdió la categoría después de 22 años.
En el 2001, LDU jugó en la Serie B, con la conducción del técnico argentino Julio“ Turco” Asad( ex-técnico del Olmedo de Riobamba). Su estreno fue el 18 de febrero de 2001 ante Audaz Octubrino de Machala en el Estadio Casa Blanca. Ganó con un claro marcador 3 a 1 con dos goles de Óscar Pacheco y uno de Diego Ayala.
Jugó 36 partidos, ganó 22 encuentros, empató 9, perdió 5, sumando un total de 75 puntos, marcó 75 goles y recibió 32. El goleador azucena fue el argentino Óscar Fernando Pacheco con 27 anotaciones. Cuatro fechas antes de la finalización del certamen se aseguró el ansiado retorno al golear 4 a 3 al Santa Rita de Vinces en la Casa Blanca, LDU logra un claro triunfo, y desde este partido la escuadra quiteña comenzó a distanciarse claramente de sus rivales, así el 14 de octubre llega con una amplia ventaja para enfrentarse a Deportivo Cuenca, necesitando solo de un punto para el tan ansiado ascenso, en el estadio Casa Blanca en su totalidad de casi 12.000 personas, 89 LDU alcanzó el ascenso a la Serie A y el campeonato de la Serie B, retornando a la serie de privilegio tras 343 días. Con una extraordinaria campaña consiguió el ascenso a la Serie A. El campeonato fue muy disputado hasta la última fecha. Liga se mantuvo puntero durante la mayor parte del torneo, pero siempre logró despegarse de sus principales competidores Deportivo Cuenca, Deportivo Saquisilí y Técnico Universitario, llegando todos con chances hasta el final del