Κατά την Τουρκοκρατία, η συμβολή της
Μονής στη διατήρηση της Ορθοδοξίας
και του Ελληνισμού υπήρξε ανεκτίμητη,
ενώ κατά την ιστορική της διαδρομή
καταστράφηκε πολλές φορές από
Τούρκους και Βούλγαρους επιδρομείς.
Κατά την εποχή της Επανάστασης του
1821, η Μονή είχε γίνει πνευματικό και
εθνικό κέντρο της Ανατολικής
Μακεδονίας και Θράκης. Η Μονή του
Παγγαίου προετοίμασε την εθνική
εξέγερση κατά των Τούρκων. Εδώ είχε το
αρχηγείο του ο μεγάλος αγωνιστής
Νίκος Τσάρας και εδώ ήρθε από τις
Σέρρες ο Εμμανουήλ Παπάς, όρκισε τους
οπλίτες του και κήρυξε την Επανάσταση.