Το μεγαλύτερο τμήμα του ναού προς την
ανατολική του πλευρά κατέρρευσε.
Έκτοτε και μέχρι να παραδοθεί το μνημείο
στην αρχαιολογία λεηλατήθηκε
συστηματικά, κυρίως από τον Λόρδο
Έλγιν, ενώ υπέστη σημαντικές
καταστροφές κατά την περίοδο της
ελληνικής επανάστασης του 1821 και την
πολιορκία του βράχου από τον Κιουταχή
Μπέη.