Γι' αυτόν τον λόγο κατασκευάστηκε στα 1888 ένα
μικρότερο κτίριο στα ανατολικά του υπάρχοντος
κτηρίου, στο οποίο τοποθετήθηκαν οι λιγότερο
σημαντικές αρχαιότητες. Κατά την διάρκεια του
Δεύτερου Παγκοσμίου Πολέμου πολλά από τα
εκθέματα αποθηκεύτηκαν στα υπόγεια του
Εθνικού Αρχαιολογικού Μουσείου και στις σπηλιές
των γειτονικών λόφων. Επανήλθαν στο μουσείο
μετά το τέλος του πολέμου και τοποθετήθηκαν
προσωρινά στα 1946 και 1947.