Το νέο κτήριο του μουσείου θεμελιώθηκε το 2003 και
άνοιξε για το κοινό στις 21 Ιουνίου 2009. Στις 20
Ιουνίου του 2009, πραγματοποιήθηκαν,
μεγαλοπρεπώς, τα εγκαίνια του Μουσείου από τον
Πρόεδρο της Δημοκρατίας Κάρολο Παπούλια,
παρουσία του Προέδρου της Ε.Ε. και πλήθους ξένων
ηγετών. Ο τότε υπουργός Πολιτισμού Αντώνης
Σαμαράς, σε μια συμβολική κίνηση, που μεταδόθηκε
σε ολόκληρο τον κόσμο, τοποθέτησε κομμάτι
μαρμάρου που επεστράφη από το Μουσείο του
Βατικανού, σε μετόπη του Παρθενώνα.