En 1995, Yeltsin declaró el cese al fuego.El 27 de mayo de 1996, el presidente Yeltsin aceptó negociar la paz con los chechenos.
En 1999, llegó al poder en Rusia, Vladimir Putin. Durante su presidencia hubo una serie de ataques terroristas en territorio ruso. El gobierno de Putin culpó a Chechenia de esos atentados. Rusia se apoderó de Chechenia en enero de 2000.
Los rusos instauraron un gobierno que respondía a sus intereses en Chechenia y proclamaron el final de la guerra en 2002. A pesar de ello, la crisis continúa hasta la acualidad debido a la permanencia de grupos que luchan por la independencia.