Entre las especies endémicas más importantes están El Venado paramero, Sapito amarillo (único
anfibio dentro del parque), dos tipos de insectos (la Mariposa marrón de Albarregas y el Diáfano
de Huber). Y El Pato de Torrentes (Merganetta armata), una especie exclusivamente andina, cuya
distribución se extiende desde Argentina hasta Venezuela, su distribución poco abundante puede
ser a la escases de masas de agua o por la introducción de peces exóticos como la trucha Arco
iris.
Una de las especies introducidas en la cuenca alta es la trucha arcoíris y la Trucha de arroyo, es un
depredador de peces nativos y demás ictiofauna autóctona, propia de los humedales; fomenta
también la entrada de pescadores y excursionistas que en algunos casos contaminan los humedales. La
siembra ha sido ilegal, según lo establecido en las normativas de los Parques Nacionales y ABRAE los
cuales prohíben la introducción de especies exóticas. Las especies amenazadas son la Laucha de
Mérida y el Babosito del Albarregas. Una de las especies más representativa introducida en el PNSC es
el cóndor (Vultur gryphus). con menos de 10 individuos sobrevivientes, y con 5 a 10 individuos
visitantes por año provenientes de Colombia.
Inventario físico-químico y ecológico de humedales altoandinos, cuenca alta del río Mucujún